根据直肠肛管周围脓肿发生的部位和深浅不同，症状亦异。主要症状为：肛门剧烈疼痛。甚则痛不欲生，局部红肿明显，疼痛剧烈。位置深者，发热、寒战等全身症状较重，局部症状轻；位置浅者，局部掀红，肿痛明显，而全身症状较轻。严重者，可出现败血症中毒症状。
根据脓肿的病变部位不同，其临床表现也不同:1. 肛周脓肿主要是疼痛，最初为胀痛，化脓时跳痛，排便时疼痛加重，脓肿在肛门前方可发生尿潴留，脓肿在肛门后方出现尾骶部疼痛。全身中毒症状轻，局部肿胀，发红、压痛、有波动感。
2. 坐骨肛门窝脓肿也比较常见，因为该间隙是位于肛提肌下的较大间隙，故脓肿较大。全身症状较明显，早期局部疼痛，可伴有排尿困难，里急后重；随病情发展，肛周皮肤发红，触痛明显。直肠指检发现肛管内局部隆起，明显触痛，如已化脓则有波动感
3. 骨盆直肠窝脓肿较少见，但很重要。腺脓肿向上穿破直肠纵肌进入肛提肌上骨盆直肠间隙形成脓肿。此处位置深，空间较大，因此全身感染直肠肛管周围脓肿的症状更明显而局部症状小明显。
4. 直肠后脓肿脓肿位置高而深。症状与骨盆直肠窝脓肿相似。患者有直肠下坠感。体检时在尾骨与肛门之间有显著深压痛。直肠指诊直肠后壁有降起、压痛和波动感。
5. 直肠黏膜下脓舯患者有周身不适、疲倦、发热。局部以直肠刺激症状为主，有里急后重、下坠、便次多或便意感等。
一般医院肛肠科的医生会给患者开一副电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助患者每次便后水洗，时刻保持肛门清洁（如果出现便血说明肛门有破溃伤口，便后水洗后还需要用肛部消毒巾，否则大便残留的细菌会让伤口反复发炎愈合缓慢）；有电动肛部药浴盆，放在马桶上，用坐姿顺利完成熏蒸坐浴的医嘱，最好用高锰酸钾坐浴（注意要用1：50浓度的高锰酸钾溶液稀释100倍后使用，注意不要买成1:5000浓度男科或者妇科用的，这是已经配好的且计量少，一次坐浴至少得要10瓶呢！）；还有肛部支撑垫帮助患者坐时悬空透气伤口，这样上班、开车都不用担心压迫菊花啦！ 电动肛门护理包一般大医院都有售，有的医院是在院内的超市。医院价格比较贵，可以到淘宝上看看，但网上东西良莠不齐，买的时候要注意鉴别，千万别买到看似便宜的假货，比如电动肛部药浴盆必须要医用材质的，盆体是透明的注射器级别材质，导气管也是透明的输液管材质，而很多假货是五颜六色的塑料，导气管是不透明的回收橡胶管，遇到热水会释放有害物质毒害菊花。
不要轻信广告和偏方！请大家及时去正规医院就诊。在淘宝店购买时也请认清防伪标志。