“知识产权司法鉴定”是：根据技术专家对本领域公知技术及相关专业技术的了解，并运用必要的检测、化验、分析手段，对被侵权的技术和相关技术的特征是否相同或者等同进行认定;对技术转让合同标的是否成熟、实用，是否符合合同约定标准进行认定;对技术开发合同履行失败是否属于风险责任进行认定;对技术咨询、技术服务以及其他各种技术合同履行结果是否符合合同约定，或者有关法定标准进行认定;对技术秘密是否构成法定技术条件进行认定;对其他知识产权诉讼中的技术争议进行鉴定。在“知识产权司法鉴定”中明确提到“对被侵权的技术和相关技术的特征是否相同或者等同进行认定”，可见，代码之间是否存在复制关系、相同代码所占比例，是属于“知识产权司法鉴定”的范围。
为什么说仅仅有“计算机司法鉴定”资质的机构不能承担软件商业秘密鉴定呢?主要理由在于：“计算机司法鉴定”和“知识产权司法鉴定”是两种不同的鉴定，在软件商业秘密纠纷案件中，需要的是有“知识产权司法鉴定”资质的机构进行软件商业秘密鉴定。正是由于“计算机司法鉴定”和“知识产权司法鉴定”是两种不同内容的鉴定，二者存在明显的区分，软件商业秘密鉴定需要的是具有“知识产权司法鉴定”出具的鉴定意见，仅仅具有“计算机司法鉴定”资质的机构，是不能作出这样的鉴定的。因此，只有充分理解了为什么“计算机司法鉴定”资质不能进行软件商业秘密鉴定的原因，才能更好地委托软件商业秘密鉴定。
综上，遇到软件商业秘密案件，我们第一反映就是与软件代码有关，与计算机有关，由于软件商业秘密纠纷案件会涉及到软件商业秘密鉴定，委托与计算机有关的鉴定机构就可以了，这是我们普通人直接的反映。对这种反映我们不能说错，但是在司法实务中，与法律要求存在一定的差距，这种差距很可能导致所有的维权工作功亏一篑，不能实现维权目的。因此，在实务中，一定要注意区分“计算机司法鉴定”与“知识产权司法鉴定”的差异，在软件商业秘密鉴定时，一定要考虑仅有“计算机司法鉴定”是否足以被采信。