《奶酪塔Cheese Tower》的关卡选择与一般的益智类游戏类似，也是几大关中包含若干小关。需要完成前一大关，并且得到一定数量的奶酪才能解锁下一大关。共包含“kids”、“normal”、“expert”和“insane”四大关，并且在后续版本中还会有新的关卡加入。仔细看的话会发现，背景中的时钟与现实的时间是一样的。每大关中包含25小关，必须完成上一关才能解锁之后的关卡。每关左下角的奶酪代表分数，满分是三块奶酪。要想解锁normal关卡不仅需要玩过kids中的所有小关，还要拿到一定数量的奶酪。
游戏规则非常简单，第一关类似教学关卡，会提示玩家游戏的方法。无论点击灰色的老鼠方块还是黄色的奶酪方块，方块都会消失，并且悬空了得方块会向下坠落。我们的目的就是消除所有老鼠方块，并保证在最后稳定时损失三个以内（不包括三个）的奶酪方块。游戏中点击右上的暂停键可以呼出类似Angry Birds的菜单，这里我们可以选择重新开始、回到关卡选择界面以及开关游戏声音。
当顺利过关后会显示本关的得分和剩余的奶酪数，得分与我们点掉的老鼠有关，正方形的是10分，稍长一点的是20分，最常的那种（即三个正方形那么长）是30分。此外得分似乎也与最后过关时奶酪的整齐度有关，所以在保证奶酪不掉下去的同时也要尽可能保证下落的整齐。
在最开始的kids难度中只有老鼠和奶酪两种方块，进入normal难度后会新增一种冰块，点击冰块后2-3内所有方块都会保持静止，我们可以趁此时间点掉更多老鼠，达到同一瞬间消去多个老鼠的效果。在游戏帮助中还提到了固定不动的方块，不过我目前只通到normal难度，还没能遇到固定方块。
游戏方式非常新颖，既有物理益智游戏的成分，也有一定的消除游戏的感觉。你的任务是帮助吉米清除所有的灰色'鼠标'块，并节省大量的黄色的奶酪块尽可能。游戏的关卡难度循序渐进，上手也很快，卡通搞笑的画面风格是你在闲暇之余放松一下的好选择。