很多人都知道在腊晒鱼干过程容易被肉蝇下蛆，但忽视了腌制和临时储存过程中也可能招致蛆蝇的事实。因此，在腌制过程中，以及每天太阳下山后收回来临时存放，都需要注意防蝇蛆，容器或是腌制池必须加盖子。由于严实的盖子不利于腊鱼的水分散发，且容易潮润，因此，可以用纱网或是纱窗材料做成封口盖，既可以防蝇蛆，又能通风透气。
肉蝇经受不住烈日暴晒的高温环境，在夏季里，每天早晚和阴天都是肉蝇的活动高峰期。因此，一定要选择晴天里在户外晾晒鱼干，在阳光温度比较高的时候,也就是阳光晒到皮肤上感觉灼热，才能开始晾晒，在阳光晒不到腊鱼之前，一定要把鱼干收回来，防止肉蝇下蛆。
如果太阳时隐时现的多云天气，或是无雨阴郁天气，直接把鱼干挂在户外晾晒，很容易招致肉蝇下蛆。有的时候鱼已经腌制了，不得不晾晒，这种情况下为了防止肉蝇下蛆，可以在户外挂通风透气良好的大孔蚊帐，把腊鱼成串吊起来挂在蚊帐里。
如果鱼干量大，没有那么多蚊帐可用，天气又不够酷热，则可以用强力风扇或是鼓风机对着鱼干吹风，既能驱蝇，又能吹干腊鱼，一举两得。
肉蝇还怕火烟，因此，天气不够晴朗的时候，可以围着腊晒棚周围生火堆，火堆不要烧得旺，要冒出滚滚浓烟，一般用锯末、秕谷、碎稻草等碎末物烧燃一部分后，再洒点水，就能冒出浓烟。
如果有条件，可以在晾晒之前，先把鱼沥干水，然后在鱼的表面遍涂一层植物油膜，或是在植物油里浸一下再沥干油，涂了油膜后再对腊鱼进行晾晒。这样晾晒出来的鱼干不但美味，还有比较大的防蝇蛆功效。涂了油膜的腊鱼，肉蝇在其表面下蛆后，大部分蝇蛆不容易存活，且一层油膜有粘性和滑动性，也能阻止部分肉蝇停泊在腊鱼身上。
一旦发现还是被肉蝇钻了空子，在个别鱼干上下蛆了，那就要采取灭杀措施，把蝇蛆灭杀于萌芽之中。千万不能把长蛆的鱼干未经处理，就跟其他正常的鱼干混放，否则可能造成大面积长蛆。可以用高温或是低温灭蛆，家有低温在零下18摄氏度以下的冰箱等速冻制冷设备，则可以把腊鱼用塑料袋密封后放进去速冻半小时后取出晾晒；如果没有速冻设备，则可以使用微波炉灭蛆，把长蛆的腊鱼放到微波炉里，高火烤半分钟；此外，如果有蛆还在表面，也可以用强光紫外灯杀灭。