褐藻或硅藻新造水族箱开始运做的几天之后, 我们就可能会发现一些褐色的斑点出现在玻璃的表面, 继而会覆在石头上, 甚至叶片上, 使本来翠绿的水草变得锈黄, 这就是硅藻。它就是所谓的先锋藻类, 是在水族箱建立之后的最初阶段的常见藻类。虽然它很容易擦除干净, 但是会很快卷土重来。究其原因, 首先是光照弱, 适宜硅藻的繁殖,其次是温度低或是严重缺肥, 抑制了水草的生长,所以及时调整好光照强度、温度及营养盐浓度, 使水草能正常生长, 这种硅藻就会自动消失了。
绿藻正常运转的水族箱中, 水草也长势良好情况下, 也会出现丝状的绿藻。它们通常是清澈的绿色, 或是亮绿色, 有时它们也会呈海绵网状。而它们对环境条件的需求与水草相似, 所以出现这种藻类也不必惊慌,它显示水族箱中的水质状况良好, 只要动手或用适当工具就可以很轻易地将其移走。若是已经附着在叶片上或是石头上, 要清除它会有些困难。比较有效的办法是在水族箱中放入几条黑壳虾、黑玛丽或青苔鼠,不给它们喂鱼饵, 它们就会将这些绿藻吃干净。
蓝绿藻这种藻类可能会出现在刚设置的水族箱中,整个系统尚未调整好, 水草迟迟不露生机的状态下, 它们会乘虚而入。我们可以从水草基部、底砂上、沉木上覆盖的蓝绿色粘膜状来辨认出它们,如果取出它们会闻到一股明显的刺鼻的味道。蓝绿藻会分泌有毒物质, 如果发现应该及早地用虹吸管将它们吸干净。任其蔓延的话, 它会在底砂上覆上一层, 将水草覆盖住, 抑制水草的生长。而清除它们却难以一蹴而就, 一点点碎屑又可以长出一片。所以这项工作必须重复进行, 直到完全将它们从水族箱中根除。
红藻类水族箱中最具有破坏力的莫过于各种须状藻、刷状藻或丝状藻类了。在分类上归为红藻类。这些藻类的颜色都是污绿带黑褐色, 真正的红色反而被遮住了。须状藻会长出长须, 附着于水草的叶缘上生长, 而刷状藻会在叶面上、须根及茎部, 甚至沉木上形成浓密的刷状物。这些藻类大多出现在肥料过多或肥料平衡状态不佳的水族箱中。主要原因是水族箱中的鱼类过多, 投喂了太多的鱼饵, 也就是水族箱内有太多的磷酸盐而导致其生长。另外, 在光照过多或长时间微弱光照的水箱中也会出现。一旦出现这种藻类, 就应当彻底清除,最好是将被“感染”的整株或叶片切除, 调整光照, 并配合换水, 以降低营养物质的浓度。若是水族箱中已经出现了大量的毛毛藻, 除了迅速采取上述措施以外,放入一些食苔鱼也是一种非常有效的办法,例如, 青苔鼠、黑线飞狐对须状藻类特别有效。
水族箱不可直接接触阳光。这样藻类会长得很快。