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materials studio 处理分子晶体:尿素

在工业制造过程的某些阶段,医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等都是晶体材料。对这些材料进行模拟,可以扩展我们对它们的认识,最终帮助我们控制其性质。在此将使用尿素作为一个简单的例子,展示如何利用materials studio进行分子晶体材料的模拟。
工具/原料

materials studio

方法/步骤
1

打开分子晶体文档File / Import,打开输入结构对话框。Examples / Documents / 3D Model / urea.msi,单击 Import 按钮,输入urea晶体的晶胞结构。

3

调整晶胞显示的范围在urea的3D viewer上(图中的模型窗口任意位置)单击右键,在快捷菜单中打开Display Style对话框,点击Lattice 栏,将Display 部分沿X、Y、Z 轴方向的最大晶胞数(Max)改为2.0。那么现在我们就可以得到一个2x2x2 的尿素晶体了,更清楚地看到氢键。

4

改变晶胞显示风格在Lattice 栏中,选择None,关闭对话框,将去除晶胞边界线。

5

检查urea晶体中氢键的连接单击 Reset View 按钮(图中有个房子的样子的按钮),然后使用键盘上的上、下、左、右键,按照45°为单位旋转晶胞,观测氢键网络。

6

关闭 urea.xsd ,按 save保存。

注意事项
1

请自行查询氢键的定义

2

其它计算氢键模型同这个模型计算方法,可仿照进行计算。

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