首先，继女王阿丽莎一世登基以来已经流逝了近千年的时光。昔日的沙漠行星莫塔维亚在母脑的监管下已经变成了一个充满生机的绿色星球——尽管没人知道母脑究竟从何而来。在这样的时代背景下，20岁的调查员尤西斯和他的义妹妮（ネイ/Nei）一起平静地生活着。尤西斯在10岁那年经历过一场宇宙船事故，在那次事故中，包括他父母在内的所有乘员都不幸遇难，只有他奇迹般地活了下来。新人类妮虽然看上去是一个妙龄少女，但事实上年龄只有一岁多。这是因为由动物细胞和人类细胞结合而诞生的新人类拥有着远远超越普通人类的成长速度，但新人类也因此被当作异类，而遭到了整个社会的排斥。
然后，为了阻止妮•一号的暴走，妮与妮•一号展开了单独的对决。最终，在妮•一号的疯狂攻击下，妮倒下了。“我知道自己已经不行了…尤西斯，请告诉人们，不要再重复创造我这样的错误了”将妮轻轻放在地上，拭去眼角的泪，尤西斯不顾一切地冲向了暴走的妮•一号。战斗的最终，尤西斯获得了胜利，但妮的眼睛却再也没有睁开。之后的旅程可谓阴差阳错。为了防止气候控制站异常工作导致的水灾，尤西斯他们开启了四座大坝，却被当做反对母脑的通缉犯而遭到缉捕，并被关进了卫星监狱盖拉（ガイラ/Gaila）。正当尤西斯寻找逃走机会的时候，一场突如其来的巨大爆炸使盖拉偏离了轨道，朝帕尔玛星直冲而去。千钧一发之际，宇宙海贼泰勒救下了尤西斯一行人，可第一行星帕尔玛却在那次事件中永远地成为了历史。
然后，从泰勒处得知德索利斯上居住着能对母脑构成威胁的人之后，尤西斯一行人立即马不停蹄地赶赴那颗冰封的第三行星。又是一段漫长的旅途，尤西斯终于见到了泰勒所说的人、千年前协助阿丽莎击败了狂王拉西克并拯救了阿尔戈尔的传说中的通灵师——鲁兹（美版译名终于从前作无厘头的“Noah”变回了“Lutz”）。从人工冬眠中苏醒过来的鲁兹告诉众人，尤西斯是兰迪尔的末裔，而在那次宇宙船事故中，被阿丽莎的呼唤惊醒的鲁兹从死亡线上救下了他。一番说明之后，鲁兹将能使虚无之物现形的空之棱镜（没错，就是一代的那个东东）交给了尤西斯，并让他去寻找一系列的妮之武器（Nei Series Weapon）。几经周折，尤西斯终于通过了数个试炼，集齐了所有的妮之武器，而鲁兹也将他所知道的一切说了出来。
然后，在阿丽莎登基之后的一段时间内，阿尔戈尔的人民都怀着感恩的心情，过着幸福的生活。可当母脑出现之后，物质生活变得富裕的人们逐渐忘记了那种心情，开始为了利益而互相争斗。人们甚至认为没有母脑就无法生活下去……鲁兹认为母脑的出现是一个陷阱，它会使人们的意志变得薄弱，从而将整个阿尔戈尔引向灭亡。一番准备之后，众人被鲁兹传送到了最后的战场——宇宙船诺亚（宇宙船ノア/Spaceship Noah）。
然后，宇宙船上等待着他们的又是一个巨大的迷宫。迷宫中，从潘多拉的盒子中显现的竟然是千年前的邪神——暗黑佛！但再厉害的邪神也不敌正义又英俊的男主角，一轮激斗下来，胜负不言自明。迷宫最深处，在经过了一番苦战之后，尤西斯一行最终消灭了母脑。正当他们准备返回莫塔维亚的时候，鲁兹的声音却响了起来。顺着指示，他们来到了飞船的后舱，并惊讶地发现了许多身披斗蓬的人。
最后，原来他们才是整个事件的幕后黑手——地球人，在母星地球因自己的过错而毁灭之后，流浪于星际的地球人在漂泊中发现了阿尔戈尔太阳系。他们羡慕甚至嫉妒阿尔戈尔人民的幸福生活，想将阿尔戈尔占为己有。但由于人数上的绝对劣势，他们才采用了由母脑令阿尔戈尔人民堕落并走向灭亡的方式，由此来夺取阿尔戈尔。在一切真相暴露之后，数百名地球人包围了尤西斯他们，最终的决战展开了遗憾的是，我们无从知晓这场战斗的结果。
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