10x Genomics的Chromium Controller是基于微流控技术的单细胞文库制备系统，可以同时获 得1,000-80,000以上的单细胞，制备文库和Illumina平台兼容，通过测序实现对高通量单细胞数据 进行细胞群体的分类以及细胞群体间基因表达的差异分析。10x Genomics单细胞表达分析可应用的细胞类型众多，如肿瘤细胞、免疫细胞、干细胞、神经细胞、生殖细胞、胚胎细胞等。是研究肿瘤异质性，免疫细胞群体和胚胎发育的优秀方法。在进行单细胞研究，获得高质量的单细胞转录组信息分析是研究成功的重要一步。
方法/步骤
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Illumina平台测序所得原始下机序列（Raw Reads），通过去低质量序列、去接头污染等过程完成数据处理得到高质量的序列（Clean Reads），后续所有分析都是基于Clean Reads。
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分析内容 标准信息分析 （需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果） 1.测序数据统计与评估：各个样本测序数据基本质控（reads数、测序饱和度等）、各个样本数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）、基因表达定量 2.单细胞亚群分类与分类结果可视化：细胞过滤、细胞亚群分类、分类结果可视化（TSNE图） 3.亚群上调表达基因分析：上调表达基因筛选、上调表达基因基因GO/KEGG功能富集分析 4.标记基因筛选以及调控网络分析：标记基因筛选、各标记基因在群体中的表达分布、标记基因蛋白质互作网络分析 高级信息分析：拟时分析 个性化分析：已知标记基因表达分布、多样本亚群间比较、Reactome和DO功能富集分析
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