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1，自动离职一段时间还能办理辞职手续吗？答案是可以的。实际上自动离职这个说法就有问题，“自离”实际上就是离开岗位而没有办理手续，而单位又没有相关作为，手续就搁置在那（事业单位一般都先放在那里），待遇停止。根据规定，离职15天以上，单位是可以申请辞退你的，不过需要发书面通知到你本人，向上级主管部门申请，这么麻烦的动作单位恐怕不会做。因此自动离职后一般可以随时去补办手续。笔者是自动离职几年后才办理的。
2,怎么补办呢？ 首先把你的辞职申请书准备好，交到单位。理论上和单位保持联系，该签字签字，其他的由单位来办。如果单位不给办，那你只好想办法说服单位领导了。如果单位也不知道怎么办，那你就自己去跑资料吧。首先你得了解当地的流程。到网站上找，或者去上级主管部门的人事科或人事股问一下，打印一份给你更好，这个很容易打听到（哪怕到人社局事业股也能问到流程）。比如我们那的流程：①提前30日书面申请，单位开会集体决议，有违约金的要处理好，开具票据；②填写《事业单位解除（终止）合同申请表》，这个表是本人、单位、主管部门、人社局都要填或盖章的；③单位开具《解除（终止）合同证明书》，表格网上或主管部门那里要；④主管部门开具《辞职证明书》；⑤本人持这些文件（注意很多是一式几份的）到人社局事业股办理审批。如果你自己跑，主要将这些资料填上，找人出文件盖章。审批后再倒着从人社局、主管部门、单位，让他们把该备案的材料留下，你自己拿剩下的。这样整个辞职流程就完成了。 这里注意材料上的日期，明确你离职时候的日期，你办理（补办）手续的日期都如实填写即可。
3，关于人事档案。 辞职后如果没有其他事业单位接收，可以先放在主管部门那里，以后需要了再提档调走，现在放档案很多地方都不收费了。当然也可以由你跟主管部门提出，转到当地人才中心。
4，关于社保. 离职后还存在社保问题（公务员离职不太一样，这里指事业单位人员或私企）。一般从你自动离职起，你的社保就停缴了，公积金也封存了。你可以有以下选择：①弃之不理，你的账号还在，只是停缴了，以后应该还能转。②拿离职证明将社保转成个人身份缴。这时你可以单个缴费。比如我只交医保，其他的全停掉（据说医保停三个月以上就不能刷了）。③转移到新单位，如果你有新单位的话。公积金也可以跟着转移，当然辞职后公积金是可以全额提取的~~
5，办理过程中遇到困难怎么办？ 不排除政府衙门卡住不给你办。这里主要有几个坎：一是单位领导，二是上级主管部门人事科室的人，三是人事局事业股（这个基本不会有问题）。单位领导可以通过人事劳动关系仲裁（相关做法自己查询），主管部门可以找他们领导协商，甚至政府网站上反映、投诉。当然这些都是最后极端的办法，你诚心好好跟他们说，嘴甜点，一般也不会过分卡你。实在不行趁没人偷偷塞点东西（这个是过去~现在不要啊）。要相信国家和政府，利用好法律法规这个工具！ 到这里，相信您知道该怎么办理了。如果还有疑问，您可以留言，我们一起研究。我不是体制内的人，没法更详尽的告诉您细节，但可以尽我所能帮忙解决。希望你能顺利解决离职的问题。
相信政府，相信法律。问题是可以解决的。