有很多劣质美瞳隐形眼镜色素都是直接印染在镜片表面，如果生产技术不过关，日后可能有色素物质脱落而损伤眼睛，色素有可能会导致过敏，还将对角膜、结膜造成刺激，引发炎症，由于色素化学成分未经批准、工艺粗糙，甚至有些产品未经政府相关部门批准，都加剧了眼部相关并发症的发生的可能性
有些美瞳隐形眼镜为追求颜色夸张效果采用了较小的光学区，这会缩小眼睛视物时的视野。染色的部分，一般透光性比较差。
传统彩色隐形眼镜由于较多的沉淀物，色素又在镜片表面，可造成镜片的湿润性不良，易导致干眼症。
美瞳包装中取出镜片，在配戴镜片前先彻底洗净双手，用洁手液洗擦手掌、手背、手指及指甲约 20 秒后用清水清洗干净。将美瞳伴侣盒内的双联盒、小棍子、镊子用隐形眼镜护理液清洗一遍。接着将隐形眼镜护理液倒入双联盒中。再以隐形眼镜护理液冲洗镜片，根据护理液包装上的说明及指示的方法。清洁镜片时先以隐形眼镜护理液滴在镜片上，以食指上下轻搓镜片的两面约 15 秒，切勿以指甲触及镜片。冲洗后，将隐形眼镜放在已清洁的眼镜盒内，镜片必须完全浸透于药水中。
洗手后必须实时处理美瞳隐形眼镜，切勿于洗手后接触其它物品，以免沾上细菌。配戴镜片时，需先确认镜片的正反面试戴。若有刺激感将镜片取下检查是否有灰尘或毛絮等，注意事项：不要同时打开两个盒盖,以免左右盒盖弄混,带反镜片。配戴镜片后,才可化妆，卸下镜片后,才可卸妆。
佩戴镜片的手指指端水分不能过多,否则戴镜时镜片容易与手指粘连,难以戴入眼内。充分扒开上下眼睑,使镜片有足够的空间入眼。若在配戴过程中没有戴入眼睛内,不要急于再次配戴镜片,而应该将镜片充分冲洗后再试戴。
在佩戴美瞳隐形眼镜过程中，请勿使用眼药水，如果眼睛比较干，可以滴些专用的“润眼液”缓解眼干。清洁也很重要，每天清洁镜片时一定要用手搓洗镜片。护理液在开瓶后，2至3个月必须弃掉。每天睡觉前或不佩戴时，摘下镜片都需放在倒有新鲜护理液的双联盒中保养，时刻保持镜片湿润状态。如连续多天不需要佩戴隐形眼镜，需要3-4天更换一次双联盒中的护理液。不同厂牌的隐形眼镜护理液,不可交替使用。定期更换隐形眼镜的伴侣盒,最好三个月换一次。
美瞳的配戴需要一个适应过程，刚开始适应阶段控制在3-5小时以内，适应之后每天配戴时间最好是8小时之内，不超过10小时。超长时间配戴容易导致眼睛缺氧，美瞳配戴者应多准备一副合适的框架眼镜，方便交替使用。
每天晚上将美瞳摘下后，应将其泡在护理液中，用指腹轻柔对其进行清洗，以去除美瞳上残留的眼睛所分泌的脂质和蛋白质。如连续多天不佩戴美瞳隐形眼镜，需要3-4天更换一次双联盒中的护理液。
在佩戴美瞳的时候要严格遵守操作流程，每次摘戴镜片之前一定要认真洗手，洗净的双手不可再触摸其他东西。不能够佩戴美瞳睡觉，戴美瞳隐形眼镜睡觉，很容易造成角膜水肿、角膜溃疡、角膜感染等眼部疾病。