训练方法不同。忍者训练内容包含了情报，潜入，野外生存等多种方面，格斗只是一个方面，而武士基本只训练单兵格斗，专精一门，所以对于格斗来说武士相对精通。
2 兵刃不同。虽然少数忍者也有刀剑作为武器，而大部分忍者出身低微，很少能够打造得起昂贵的钢刀。而且更多的忍者也倾向于花钱制造更加实用的多用刀，苦无，弓箭之类的武器，而这些武器在近战中的杀伤力并不大，陷阱和毒烟也难以在单兵对决中奏效。就算是有刀剑的忍者，刀剑的质量也难以赶上千锤百炼的武士刀。
出于这两个原因，可能会让很多忍者迷感到遗憾，在动漫影视作品中常常出现的忍者像杀鸡一样轻松干掉数十名武士的情况是几乎不存在的。虽然在单独对决中忍者很少干掉武士，但是历史上被忍者杀掉的武士却远多于被武士杀掉的忍者。忍者凭借他们惊人的耐力往往能够在追捕中逃脱，而攻击的时候通常采取刺杀，下毒等方式，让武士防不胜防。所以古代的武士提起忍者往往咬牙切齿，偶然抓到了忍者也会用非常残酷的刑法来惩治。
忍者的耐力训练应当注重循序渐进和安全保护。事实上那种忍者常常把自己放在危险的境地训练的说法是不了解忍者的外行人说的，忍者在日常训练中非常注重保护自身的安全，像那种酷跑之类的高危运动和忍者的精神是完全违背的。下面我推荐一些忍术入门的基本修炼方法，里面的数据是我根据忍者的需要提出的参考数据。练习者可以根据自己的身体状况和进步速度定制训练量。修炼的排列以难度递增为序，修炼者要根据自己的条件循序渐进，不要贪图修炼成果冒进。
1 速度跑，以你尽可能快的速度跑完10公里。这是最基本的练习，可以迅速提升体力。对于人体能够承受的极限来说，快速跑完10公里并不算特别的困难，关键是自己要有这个信念。基本上每一个类型的忍者都要做这个训练，而后面的训练则只有部分忍者练习。
2 长跑，用中速在能够承受的范围内跑完60公里。60公里基本上是忍者在不影响第二天任务的前提下一天的前进量，对于体能来讲，这个训练可以让心肺功能和供血功能得到很好的改善。情报忍者通常注重练习长跑以适应任务。在情报忍者的任务里面，长途跋涉多过对抗。
3 变速跑，每800-1500米改变一次速度，用中速跑和冲刺间隔跑15公里。其实这个训练对于身体的要求要高过中速跑60公里的训练。因为变速跑意味着你的跑步频率被时不时地打破。变速跑适用于情报忍者和战斗忍者，在逃脱和追击的过程中都会遇到速度方向不断改变的跑步。
1 多吃有助于耐力提高的复合碳水化合物，类似于粗粮，山药，土豆等。
2 训练的前后要补充水分，糖分和盐分，但是不要喝糖盐水，比较好的方法是喝果汁。
3 不要在酷暑天气修练耐力。忍者也很少在酷暑天气出任务。
4 越野跑时佩戴手套，护腕，护肘，护膝，护踝，并且穿上合适的运动鞋。不要轻视这个，忍者的服装有专门的类似设计