基因表达数据的csv文件
数据的分组信息的csv文件
Excel
首先我们需要一个表达谱数据的csv文件表。这些基因表达数据一般是在实验结束之后就会产生，是我们分析的源文件。表达谱的格式为：文件的A1单元格留白；文件的第一行，写的是样本的唯一识别号，这个识别号可以自行指定，但请确保每个样本为一列且识别号都不同。文件的第一列（A列)，写的是基因简称，每个基因在HGNC网站的列表中都有且唯一。数据格式如图所示：
其次我们需要一个记录着表达谱数据的来源和分组的csv文件表。这一个csv文件记录着每一个样本的分组和其他信息。分组信息表的格式为：文件的A1单元格留白；文件的第一列（A列)，写的是样本的唯一识别号，这个识别号与表达谱数据表中的样本识别号一一对应。文件的第一行则记录着对应的分组信息，并且分组信息一般命名为groups。数据格式如图所示：
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右侧选择 “预处理 > 表达集生成器”。将上一步准备好的文件“表达谱数据的csv表文件”放入matrix；“表达谱分组信息的csv表文件”放入pData；最后填写一个saveName表示保存文件的文件名。点击运行
生成与步骤2中的saveName填写的文件名对应的RData数据文件就可以进行后续的差异分析了。同时，最好点击eSet_create.html报告查看生成的文件的简要信息。
右侧选择“差异分析 > 差异基因分析”；在inputset*栏目里放入上一步生成的RData，剩余参数如下选择。logFC代表倍增关系，一般是1-2，这里请选择1，如果差异基因过少可以适当降低；pvalue代表p值，一般选择0.05，这里即选择0.05，如果差异基因过多可以适当降低；genenamesets代表要单独显示表达变化的基因，这里填写可以 AHNAK2；点击“运行”进行分析。
分析时间长度约为1-2分钟；点击结果页面的DEG_GENE.html链接，查看结果报告。差异基因的结果也就做出来了。你也可以试试其他参数，获得理想的结果。
表达谱数据表文件的列名称和另一个表达谱分组信息的行名称必须一一对应。
表达谱分组信息的列数必须大于3列，但是分组信息只需要一列即“groups”列。
分组信息即“groups”，只能有两个分组名称，且名称中不能含有“逗号”。