1、公安机关在一定程度上不愿意处理这类案件
公安机关对侵犯软件著作权罪的行为的严重性，存在着认识上的偏差，更大的注意力放在有重大社会反响的刑事案件上，尤其放在传统的杀人、强奸、抢劫等严重侵犯公民生命财产安全和社会安定的案件上。对杀人、强奸、抢劫等严重犯罪给以足够的重视，在任何一个社会都是非常必要的，因为它直接关系到我们每一个人的安宁。但是社会对侵犯软件著作权罪行为的容忍度是出奇的高，办不好也不会招来舆论的谴责和社会的压力，更不会影响官员的升迁。但这并不意味着就可以对其他的非暴力的案件不给以应有的重视。而且公安机关本身不懂软件代码，在处理这类案件时，主观心理上存在排斥情绪，这是侵犯软件著作权罪立案难的主观原因。
2、涉及相关法律问题和技术问题多
由于侵犯软件著作权罪证据收集的专业性、技术性较强，不仅软件代码问题，还涉及到制造侵权复制品的技术手段、设备设施的技术性能等方面。对于这些方面，我们普通的社会大众很难把握这些技术难题，即使是我们专业的侦查人员，在进行证据收集、电脑代码查封时，也未必能够很清楚地确认，出现在查封现场的代码究竟是什么代码，在侵犯软件著作权罪案件中，这些代码起什么作用。因此，涉及相关法律问题和技术问题多，这是侵犯软件著作权罪证据收集难的主要原因。
3、新型网络的兴起，导致侵犯软件著作权罪形式多样
在数字化、虚拟化的网络空间中，侵犯软件著作权罪案件的犯罪主体可以在不同的地点、不同的时间进行犯罪活动，这给案件的侦破、取证等工作带来了地理、技术上的困难。公安机关在侦破这些案件时，通常要花费比传统案件更多的精力，新型网络的兴起已经是时代的趋势，这是侵犯软件著作权罪证据收集难的背景因素。
4、追查销售网络难
侵犯软件著作权罪案件的犯罪线索主要来源于以下几种情况：公安机关经常通过公开查缉;被害人报案;知情人检举揭发以及工商行政管理部门;文化监察部门的案件移送等方式获取案源等方式。在针对侵犯软件著作权罪立案时，往往只涉及到侵权复制品的销售环节，但是侵犯著作权罪案件并不仅仅限于侵权复制品的销售环节，而要经过整个复制、发行、销售等环节，因此，只有查清侵权复制品所有的制作地点、储存地点和销售地点，才能查明全部案件事实真相，真正实现对侵犯软件著作权罪犯罪行为的打击。追查销售网络难，这是侵犯软件著作权罪证据收集的另一难点。
综上，侵犯软件著作权罪在实践中主要存在的困难，基本上围绕上述几个方面理解，可以更清楚地知道困难产生的原因以及后续解决方法：公安机关在一定程度上不愿意处理这类案件、涉及相关法律问题和技术问题多、新型网络的兴起，导致侵犯软件著作权罪形式多样、追查销售网络难。