第一，无明确法律依据。也就是说在进行征收或者拆迁的时候，没有具体相应的法律依据。若干年前就准备研究制定的《全国集体土地拆迁管理办法》，到现在也仍未出台。目前我们所依据的《土地管理法》的有些地方依然体现不了征收拆迁的补偿原则。我们都很清楚，按照《土地管理法》对耕地进行补偿没有太大影响，但是如果利用集体土地修建厂房、做养殖行业或者生产加工行业等等，此种情况下的法律依据和政策就是缺失的，这就使很多地方在解决这种企业拆迁纠纷的时候，无法提供准确的法律依据。即便可以参照相应的法律依据，但是却无法准确适用。这是一个客观现实。
第二，法律依据冲突。这种冲突主要存在于上位法和下位法之间。在《国有土地上房屋征收与补偿条例》590号令以及适用的房地产评估规范中，对一些评估方法的适用有明确的规定，比如，现在基本上适用的是四种评估方法：成本法、市场法、收益法、假设开发法，在进行单纯的土地评估交易的时候，有些也适用基准地价法。这几种方法根据法律的规定，本应合理对企业进行使用，但是各个地方在出台国有土地征收补偿办法以及暂行办法的时候，往往采用的还是成本法或者市场法，对企业的收益或者下一步造成的潜在经济损失没有进行收益法充足的量化。从这个角度来说，上位法和下位法在使用过程当中的冲突，在现实生活中比比皆是。
第三，企业的客观事实无法进行准确界定。这种情况往往都是有一定历史原因的。比如从村委会一次性买断了五十年的集体建设用地，却没有办理集体建设用地使用权证，但又确实是通过招投标或者拍卖的方式一次性买断的，这种状况应该怎么认定？到底是认定他有没有集体建设用地使用权证呢？又比如集体建设用地使用权以前是没有年限的，像家里的宅基地就是这种很简单的情况。即便不能严格地界定使用期限，但是却可以界定使用用途，因为集体建设用地本身就是非耕地的形式。有很多企业没有取得这样的集体使用权证，是因为八九十年代的客观现实，这是一种客观的过渡现状造成的。因此来说，这个土地使用权到底认还是不认，当中可能会掺杂一些企业的客观现实和企业当时取得不动产客观原因。
第四，地方政府在进行企业征收拆迁补偿过程当中往往给的价格非常低，并且如果你不配合这种低廉的价格，后面就会施加很多强制性的手段，如确定违章建筑，确定环保不合法，确定工商税务和消防等等，用强制性的手段进行压制，签订不合理的补偿价。往往在这过程当中，政府的行为掺杂了一些违法行为，比如按照《行政强制法》第44条的规定，即便认定为违章建筑，也必须等到复议的起诉诉讼结束之后才能进行强制执行，这是一个前提，但是有很多地方政府认定后就立即进行强制执行，甚至不管哪些是有房产证哪些没有房产证的，其目的就是进行全部拆除，这就掺杂了政府的违法行为。
第六，社会第三方机构以及司法或行政机关的监督缺失。在进行拆迁补偿的时候，不管是征收方还是拆迁方，参与，往往是谁委托就对谁负责，有些时候给的评估报告没有人盖章也没有人签字，完全是按照征收方的个人意愿给出的，没有进行实际的区分，政就怎么做，这就是第三方机构的诚信缺失和监督缺失。上个月最高人民法院做出了不允许法院配合建筑工程、征收拆迁的相关地方政府的行为的要求，现在为了维护一定的地方政府的公信力，也出台了相应处理办法。作为司法机关本身就是对行政机关实施监督的主体，如果这种监督缺失了，对企业主而言就会造成严重的不公平不公正。