肛裂和庤疮：肛门部位的疼痛可引起肛门括约肌痉挛，使排便延迟。
结肠易激综合症：（IBS）因结肠易激综合症患者结肠常处于痉挛状态下，而延迟排便进程导致便秘。
机械性压迫：肿瘤、瘢痕、炎症等可对肠管造成机械压迫作用而引起便秘。
其他特殊疾病：许多疾病可引起全身组织病变，如硬皮病、系统性红斑狼疮：某些神经系统疾病或肌肉疾病、多发性硬化症；帕金森氏病、中风等皆可伴有便秘。
慢性肠道梗阻：盆底虚弱，如会阴下垂与直肠脱垂、肠套叠、肠扭转、巨结肠症。
不良的饮食习惯：一个最主要的原因应归为在饮食中缺乏大量的蔬菜和含高纤维素食物如谷类、豆类、而以肉制品、甜点为主。研究已充分证明食物中纤维素可以增加粪便量，增加肠道蠕动，从而防止便秘发生。
滥用泻药：有些人动不动就用泻药帮助排便，这样久而久之对泻剂产生依赖和耐受，需要不断加大剂量，最后肠道失去敏感性和功能，便秘形成和加重。
电解质丢失、低钾血症：由于肾病引起的电解质丢失、呕吐、腹泻等引起的电解质紊乱，都可诱发便秘。
不良的排便习惯：如果一个人经常抑制便意。就会形成便秘的恶性循环，有些人因为不愿去公用厕所，有些人是因为太忙，这样经过一段时间，便意会逐渐消失，随之渐渐发展成便秘。
神经系统损伤疾病：脊髓损伤（外伤或肿瘤压迫），可因损害支配肠道神经而产生便秘、抑郁。 药物：许多药物可以引起便秘，包括镇痛药（特别是麻醉药）、抗酸铝制剂、解痉药、抗抑郁药、镇静药补铁剂、治疗癫痫的抗惊厥药。
怀孕：怀孕是便秘又一个常见的原因，这有可能是因为子宫对肠道机械压迫，另一部分是怀孕其间内分泌紊乱所致。
由于便秘很常见，所以这些重要疾病很容易被患者忽略，甚至失去治疗时机。因此杭州肛泰医院引进韩国肛门镜检查便秘，该仪器采用国际先进的医用视频及摄像技术，打破传统肛肠指诊检查的弊端，可对肛肠内部深层病灶部位进行图像采集、实时诊断，医患双方在检查过程中可同时清晰的观察到放大数十倍的病灶部位，避免误诊、误治，从而为临床治疗提供可靠依据。同时可将病灶锁定后打印成像，为治疗前后进行比较提供可靠依据。
杭州肛泰医院专家指出，通过一定疗程的大肠水疗，可以彻底软化清除肠粘膜表面的硬结层，恢复肠粘膜的分泌，促进结肠的蠕动，从而恢复正常排便功能，达到彻底的治疗目的；并且将肠道内长期聚积的废物溶化、稀释，迅速随着大便排出。大便通畅之人，血中胆固醇、肌酸等有害物质迅速消减，血液变得清洁，利于康复。