根目录，是指逻辑驱动器的最上一级目录，它是相对子目录来说的。比如打开“我的电脑”（Windows XP 操作系统），“计算机”（Windows 7 操作系统），使用鼠标左键双击C盘，打开文件夹就能进入C盘的根目录。
这是因为早期将Windows文件的分级管理比喻成大树形状，驱动器一级文件夹就相当于大树的根部，故称根目录。下级文件夹依次展开，就像大树的分枝，逐级展开。
就Windows操作系统而言，很多重要的系统文件都是在系统盘（通常是C盘）的根目录。而一些不良程序也会窥视这块宝地，所以注意观察根目录的文件和文件夹也是确保系统安全的措施之一。主要有Windows文件夹是操作系统的主要文件夹，这里的C:\Windows\System32 是系统很多重要的文件栖身之地。
根目录在文件系统建立时即已被创建，其目的就是存储子目录（也称为文件夹）或文件的目录项。不同的操作系统会有不用的文件夹，比如在64位的操作系统中，根目录中的Windows文件夹里除了有System32文件夹之外，还会有C:\Windows\SysWOW64文件夹（其功效和system32类同）。
系统盘根目录中Program Fles文件夹是安装程序的专用文件夹。一般的软件安装默认路径就是它。同样，如果在64位操作系统中，还会有Program Fles（x86）文件夹，用来保存32位的安装软件。
除此之外，不同的分区的以及文件夹，也是这个驱动器的根目录，如果是安装多系统。那么非C盘的根目录也是需要重点关注的地方。
同样，u盘的一级文件夹就是u盘的根目录，通常一些病毒就会利用用户双击u盘打开的操作，来传播病毒，这是因为u盘的根目录会有一个自行运行的文件Autorun（双击打开就会运行扩散病毒）。所以一般右键点击u盘，再选择菜单中的打开可以避免直接运行该病毒文件。
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