基因云馆分析平台给大家提供了一步GEO服务。一个小时咱就能搞定的事情,大家不用再花费一两天的时间去研究了。下面由芸豆菌给大家讲解一些具体过程。
工具/原料
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GEO数据库中的GSE数据编号
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genelibs分析平台的一步GEO
方法/步骤
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一步GEO 1、进入一步GEO界面,输入GSE编号(我们以GSE36001为例),点击查询按钮,如图1、2所示:
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2、选择分组 本案例Normal bone作为对照组CTR,而Osteosarcoma cell line作为疾病组DIS,点击CTR按钮,再点击具体的数据行,或者括选,之后同理选择DIS按钮,选择好分组后点击提交按钮,会自动完成GEOname和group,如图3、4所示,再点击运行按钮:
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3、差异基因结果 提交运行后,稍等一会就出结果,如图5所示,打开结果中的html报告,如下图6:
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一步GEO优点省去了数据预处理的复杂操作和修改多组分组信息的步骤,方便快捷实现两两对比差异分析。
注意事项
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在使用一步GEO之前,事先在genelibs平台上用GEO数据库检索模块检查一下,如果该模块可以检索出来结果(即,产生对应的html报告和RData文件且html报告有数据内容),再进行一步GEO分析。
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另外,分组信息点选遇到困难时,可以换火狐等其他浏览器试试。
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