首先：结肠炎的病因是由很多已知的或未知的因素造成。结肠黏膜充血、水肿、黏膜脆性增加，甚至黏膜腐烂时结肠炎便发生了。这时粘膜炎性渗出物增多，黏膜上附有白色透明或黄色黏液严重中，呈脓性黏液，因而大便时容易看见粘液及脓血的情况。结肠黏膜的病损使对水与钠盐的吸收产生障碍，从而导致腹泻、肠黏膜下炎症可刺激痛觉感受器，使肌层收缩，肠壁牵拉而产生疼痛。引起这种病理情况的因素很多，已知的感染因素有病毒感染、细菌感染、寄生虫感染、衣原体及霉菌感染等。非感染因素包括免疫因素、放射线照射、血管灌注不足，药物因素，过敏因素，灌肠与缓泻剂等均可导致结肠黏膜受损而发生结肠炎。
除了以上因素，结肠炎还受其他因素的影响 结肠炎的病因之一 感染和遗传 感染：结肠炎的病理变化和临床表现与一些结肠感染性疾病（如细菌性痢疾）相似，因而有些人认为感染是结肠炎的病因。在细菌、真菌和病毒等多种因素中，目前的研究表明病毒的可能性较大。 遗传：结肠炎的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。此外双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病，提示结肠炎的发生可能与遗传因素有关。
结肠炎的病因之二 自身免疫反应：很多医生学术者都认为结肠炎属于自身免疫性疾病。因为结肠炎并发自身免疫病者较多，肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体，所以认为结肠炎的发生可能与自身免疫反应有关。还有，某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，损伤结肠粘膜，并且患者的淋巴细胞对胎儿结肠上皮细胞有细胞毒作用，提示怀疑结肠炎的发生还可能与细胞免疫异常有关。 专家认为，现实生活中工作压力大，心理负担重，以及情绪紧张的时候，人们往往容易生病，这就是植物神经系统影响免疫系统的表现。当植物神经系统功能紊乱时，免疫系统的功能就会紊乱，进而出现各种顽固性疾病。 举例说：副交感神经正常活动，可以促进唾液、胃液、肠液、胰液与胰岛素分泌，当副交感神经活动减弱和持续时，肠液减少导致肠道菌群失衡，结肠炎久治不愈，而“神经免疫剂”对调节交感神经和副交感神经有特效作用，用它来治疗结肠炎取得了意想不到的疗效。
结肠炎现在一般治疗方法有(1)放射学钡剂检查：急性期一般不宜作钡剂检查。常规钡灌肠X线检查可见：①轻度溃疡性 病人，X线检查阴性，中度和重度患者则有典型表现。②结肠壁边缘呈小锯齿状突出的钡影及铁轨样皱襞相③充盈缺损，假息肉形成，少数病例因结肠壁纤维化及息肉增生，可致肠腔变窄。④结肠袋消失或变浅，结肠缩短僵直，甚至如水管样。⑤雪花征：由于微小溃疡及糜烂而附着钡剂，钡斑点，气钡双重造影显示如雪花。⑥排钡异常。⑦直肠后间隙增大达2cm以上，表示直肠与直肠后组织有严重炎症。⑧应注意的有无。 (2)内窥镜检查：临床 上多数病变在直肠和乙状结肠，采用乙状结肠镜检查很有价值，对于慢性或疑为全结肠患者，宜行纤维结肠镜检查。