(1)水性防护剂的强碱性 使用水性石材防护剂时要注意防护剂的强碱性(pH值很离)可能破坏毛刷等工具，如甲基硅酸盐水性防护剂的pH值可达13，其强碱性会腐蚀各种有机物，包括施工人员的手、衣物等，也会腐蚀施工工具，如动物毛刷，使毛刷掉毛，并黏附在石材表面。
(2)溶剂型防护剂的安全防护 使用溶剂型防护剂时要注意施工场所的通风、禁止明火、准备防火措施等；要注意防止工具和 环境中的有机物被防护剂的溶剂溶胀或溶解，如防护剂中的溶剂会溶解毛刷和滚筒的黏胶和有机成分，使毛刷和滚筒掉色，从而污染石材，因而施工时不可使用会掉 色的毛刷和滚筒等；另外，还应尽可能降低相关人员在溶剂型防护剂施工场所的停留时间，以减少对人的伤害。
(3)防止防护剂未干时的污染 在石材防护剂未完全干燥时，石材很容易粘附污染物而造成病变。由于污染物被防护剂包裹固 化，很难清除。一般应选择淋不到雨、灰尘小的场所和时段进行涂覆施工作业。架空养生时，所有与石材接触的材料，如垫块(最好使用石质垫块)等，必须是不会 污染的。不能直接使用木材、铁管等材料(除非用塑料布包裹)，以免造成有机黄和铁锈等污染物的污染。
(5)先做小样和小面积试验 在大面积涂覆防护剂之前，应先充分了解所选防护剂的特点，先做小样和小面积试验，小试成功以后再大面积施工。
(6)增强粘接力 在涂覆防水或防油渗透型防护剂后，会不同程度地降低水泥粘接石材的性能。因此使用底面防护剂时，需要在石材底面涂覆并粘上少量细沙以增强粘接力力，或者涂刷专用界面剂以解决粘接力下降的问题。
(7)注意补漏 对于各种原因漏刷石材防护剂的部位，以及做好防护又再切割过的部位，必须仔细补刷防护剂。尤其是再切割过的切口容易被人忽视，这一点在湿铺和千挂施工中都很重要，否则会造成沿切口部位发育的水斑。