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为了保护忍者世界，漩涡鸣人的目标是成为火影。在火影的修炼道路上，漩涡鸣人认识了宇智波佐助、春野樱等伙伴，并与他的好伙伴一起，与忍者世界的各种邪恶势力作斗争，并粉碎这些邪恶的阴谋。玩家可扮演漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱等忍者，去保护这个忍者世界。本游戏的故事剧情就是以火影忍者为蓝本打造的。
NINJA中有忍者招募功能，玩家可以通过招募系统，来获得自己想要的各种忍者，但是需要积攒满10个忍者碎片，才可进行招募。忍者碎片的获取途径有忍者招募、精英副本、特权商店等。玩家成功激活忍者后，玩家可使用忍者碎片，继续对忍者进行升星，提升忍者的等级（或星级）。游戏里的忍者共有130多个，忍者按照等级（或星级）高低划分，有S级（3星）、A级（2星）、B级（2星）、C级（3星）4种不同等级。忍者等级（或星级）越高，忍者提供的属性加成或收集加成效果越好。各种忍者会有不同的普通技能和奥义技能。游戏的抽奖方式为用游戏币抽奖，砖石抽奖和友情币抽奖。游戏币抽奖最高等级为B级，砖石抽奖最高等级为SS级，友情币抽奖只能抽到碎片。这里建议大家赞好砖石等着出抽奖活动的时候使用10连抽，这样既能完成活动任务，还能10连抽必得忍者，两全其美。
通灵兽在《NINJA》手游之中，玩家也可以通过契约，来加以选择自己的通灵兽。想要获得通灵兽，首先需要在契约卷里面进行修炼，修炼需要一定的铜币和声望，契约卷有等级之分，当玩家到等级到达一定的程度之后，就可以解锁新的通灵兽。从而能够使用这个通灵兽的技能进行战斗。玩家还需要对于通灵兽，进行各种各样的升星升级，在培养通灵兽的过程之中，需要收集各种材料，而玩家的培养，将会大大的增加通灵兽的效果，在实战之中，也会给予更好的帮助价值。当玩家到达一定的等级之后，就可以解锁三个通灵兽的位置，也就是说，玩家最多可以携带三个通灵兽技能。虽然通灵兽在战斗之中，只能够使用一次，而并非像技能一样的等待冷却时间之后，就可以重复释放，但是通灵兽的效果是非常巨大。每个通灵兽释放之后，伴随着炫酷的画面的同时，会造成非常可观的伤害能力，也会增加玩家的属性，从而让玩家能够拥有更高的效果
《NINJA》的装备共有6件，分别是武器、头部、衣服、副武器、项链、戒指。这6件装备是系统发放给角色的，无法拆下来或更换。玩家可通过升级或进阶的方法，来提升这些装备属性。玩家可以通过通关副本和扫荡副本来得到升级装备的材料，升级以后的装备会给玩家提供更高的战力，只有高战力才能继续推图。
作为一个动作游戏，本游戏还有一个大大提升玩家战斗力的地方就是游戏的羁绊系统。每个角色有每个角色的羁绊，当你搜集到对应人物的时候可以再人物志里面激活他的羁绊。这样就会增加整体属性，对于中低级玩家来说聊有胜于无，对于高级玩家来说羁绊增加的战斗力可是冲刺排行榜的关键了。