主角拿到山顶Boss所保护的那个药物后才发现自己拿人家美女做了肉垫。刚好宝姨是医生，于是主角就带上她回家医疗，从左侧出口出去就回到了熟悉的青城山山道，沿原路返回“百草堂”与宝姨对话交付任务后，各位病患都因为主角带回的药草的神奇疗效康复了。此时宝姨让主角在村子里走走，看看还有谁需要帮助。离开“百草堂”后，随着暴雨过去，村子里出现了不少人，和每个人对话都能得到奖励，村子上方桥附近可触发后续剧情。一群魔物闯进村子，一个武将打扮的男子在后面追杀魔物，不过这人似乎神智不是很清醒，杀掉几个魔物后，朝着主角袭来。幸好关羽后人关真出现，赶走发狂的武将，并加入队伍。将周围剩余的魔物清理掉后，回到“百草堂”会有新的剧情发生。
关真一进屋就拜倒在宝姨面前，向她出示了诸葛亮的书信，宝姨观看之后，沉思良久，向主角道出了他真实的身世。原来主角就是刘备刘玄德之后，蜀国灭亡后，为避开敌方耳目，身为御医的宝姨带着他避乱于此。正说话间，一道黑影闪光，宝姨将主角拉开，自己却受了重伤。来人竟是刘开刚才在山道上背回来的神秘女子，而刚才在村口发狂的奇怪武将也在这时突然出现，闯了进来。正在危机之时，一个帮手飞身而入，协助众人打败发狂武将，而神秘女子见他武艺高强，也知难而退。虽然战斗胜利，宝姨也已经伤重垂危，此时前来帮手的男子道出了自己身份，原来他是赵云义子赵无双，同关真一样，是前来保护少主的，说罢他取出一个锦盒，所有人被传送到了一个神秘空间。诸葛亮就在这里等候着众人。
一番对话后，诸葛亮用主角刚刚找回的药草救活了宝姨，并授予宝姨朱雀召唤之术，之后宝姨就可以随时化身为朱雀。诸葛亮交代了一番关于四神阵的事情后，送了主角一个高级魂——刘备之魂，还开启了游戏中的阵型系统和鸿道锦囊系统。阵型系统在菜单里有，可以自由调配出场名单，除了前面三个出场队员，处在不出战位置的神机位和奇兵位的角色也有自己的功效，不过现在出战人数尚且不足，暂时还没有用的必要。鸿道锦囊功能也在菜单里，作用是随机获取武魂，一共有三种召唤法，每一种都要支付一定费用，当然越贵的召唤法能得到的魂也就越好。
诸葛亮话说完后，大伙再次被送回到“百草堂”内。接着按照诸葛先生的任务指示寻找“四神阵”。从村子南方的出口出去，在这里会触发赵无双护主断后的剧情。赵无双离开队伍。再次来到之前采药经过的“青城山道”，遇到一个被打劫的书生，打败抢劫的家伙后，书生提到了宝姨和主角的故交小柴。此时宝姨突然心智失常，被怪物附体，又是一场战斗。战斗后宝姨体力透支，无力控制朱雀，召唤朱雀功能暂时不能用。此时，一个神秘小孩子出现，让主角一行人去找天机先生商量朱雀的事情。一路朝东走来到“青城云峰”找到天机先生。天机先生要玩家先帮他找个东西，须到“青城山道”调查闪光点获得净水葫芦。
找到失物之后回到天机先生处交付任务，天机先生帮助宝姨支配住朱雀，同时开启了地图右侧前往四神阵的道路。继续和他对话可鉴定前面获得的未知武魂，也是三种鉴定方法，越贵的鉴定法鉴定出来的魂越好。从地图右侧原来刮大风的地方过去。来到右下出口时发生剧情，先前出现的神秘女子再次出现，道出自己身份，原来她竟然是战神吕布之女。一番对话后，吕姬率领一群人开始朝四神阵出发。一个少女尾随其后出现，被其手下阻拦，少女打倒士兵，跟了进去。主角一行往前走会发现刚才被打倒的士兵有一个装死，调查他会触发战斗，战斗结束从南边出口来到度苦崖，刚才跟踪吕姬一行人的少女被吕姬的手下发现，正在战斗，主角一行自然是要上去帮忙了。击败小BOSS后，这个叫吕含淑的少女加入，她的专用武器是弓弩。
经过一段过场剧情后，先一步进入山洞的吕姬和赵无双一起被卷入了一个传送法阵之中，并被传送到了不知名的地点，吕姬失去了知觉。此时玩家开始控制赵无双，由于队伍只有一个成员，难度会比较高。要记得多存档。离开洞穴一直朝南走，来到“望乡坡”与房子前的老翁对话后，赵无双将受伤的吕姬安置在老翁家中。从老翁那里听说了河神祭的事情后，赵无双很感兴趣，决定去看看。向下走来到“留村”发生剧情。之后需要在老翁家和留村两边来回跑了解河神祭的内情，按照所接任务提示完成一系列任务，就会知道河神祭背后的黑幕。赵无双决定只身前往祭祀地点“魏水祠”。从留村右下方出口离开，这里开始也是一条直路，很容易走。在“魏水祠”深处，赵无双得知吕姬已经被绑架，立刻马不停蹄地折返留村营救，在留村左下角的就是神社，里面别有洞天，一路前进，剧情战击败守卫，与吕姬合流后向上走前往更深处的“未明殿”。在“未明殿”击败了河神事件的幕后人物之一，血衣教的炎武后，未明殿开始震动，退路被封锁。两人幸得诸葛亮搭救，被传送出了险地。赵无双跟随吕姬的义父前去调查血衣教作乱之事，永久离队。这段剧情后，游戏操作再次切回刘开这边。
沿着通路离开山洞，经过“旧粮仓”就会来到“益州”。主角一行人和城内士兵发生了纠纷，好在和主角失散多年的玩伴曹婴出面解围。一阵对话后，曹婴离去。奔波了这么久，大家决定在城内走走。在地图左侧，一行人遇到“令狐弓”，接到回“青城云峰”送东西给天机先生的任务。老乞丐会送你到半路，然后往左走可以回到“青城云峰”。在“青城云峰”与天机先生对话，再次返回“益州”后，一个婢女跑来说曹婴被人抓走，请主角去营救。下面的门被神秘力量封印了，击败右上方的道士开启封印，进入“旧粮仓”救出曹婴。
此时，诸葛亮又来传唤了，在诸葛亮所在能遇到吕姬，因为吕姬打伤宝姨的缘故，主角情绪激动，在诸葛亮一番开导后，两边尽弃前嫌，决定一起去阻止血衣教的阴谋。强力角色吕姬就此加入队伍。大伙通过“星罗八阵台”再次前往“留村”，顺道做掉个顺水支线，将和吕姬一起被血衣教抓到的少女彩蝶送回了家获得了一些奖励。移动至村中祠堂血衣教人所在，大门被施法无法进入，只能去先前去过的“魏水祠”进行调查。向南走来到“魏水祠”，并击退“无界浮屠”解开祠堂封印。进入 “留村-祠堂”，一路杀向“未明殿”，依次击败华雄和董卓后，将迎来游戏最终BOSS-夏侯玄，将其击败后游戏全剧情结束。