加强净化设施的运行管理灾区地面水有机物污染严重，浑浊度普遍较高，对受灾期间仍能维持供水的水厂，应充分发挥现有的混凝沉淀过滤设施的作用，加强运行管理和规范操作，提高水质净化效果，改善供水感官性状，确保水质消毒效果。
提高饮水消毒的加氯量洪涝灾区地面水源水微生物污染严重，必须提高饮水消毒的加氯量。应开展有代表性水源水需氯量监测，确定水消毒的加氯量，指导水消毒工作实施（也适合分散式供水）。通常由于洪涝灾害引起的水源污染，水消毒加氯量比灾前或同时期未受灾时增加30-100%，有效氯投加量范围在1.5-2.5mg/L。
强化消毒措施对于缺乏消毒措施的农村自来水厂（站），在洪涝灾害期间仍在正常供水的，必须采取强制性消毒措施，安装或增加必要的消毒设施。常用的方法有：在一级泵（原水泵）前，投加漂白粉澄清液或在过滤后清水池投入漂白粉澄清液；对于无调节水池的直供水厂，不管何处投加消毒液，都必须确保水与消毒剂接触30分钟后出厂。
消毒后水中游离性余氯要求国家生活饮用水水质标准要求：水消毒30分钟后出厂水不低于0.3mg/L，管网末梢水不低于0.05mg/L。考虑到洪涝灾区的生物性污染严重等因素，因此对水厂的出厂水和管网末梢水的游离性余氯量要求也必须适当提高（也适合分散供水的消毒）。农村简易自来水厂（未处理，部分处理）：A.出厂水游离性余氯应不低于0.5mg/L。B.当出厂水的水质较浑，达不到水质标准时，出厂水游离性余氯应保持在1.0mg/L左右。当出厂水游离性余氯达到上述要求，但管网末梢水检测不到余氯（小于0.05mg/L），在排除采样检测、管网太长等因素外，应考虑管网的质量是否有陈旧破损污染，或洪水冲毁受污染，应尽可能发现和修复。在未能发现和修复情况下，建议用户暂时用缸水贮存自来水，进行缸水消毒。
消毒的技术要点：A.直接投加法投药前应先测量水井水量。水井一般多为圆筒状，知道水面直径和水深，即可按下式计算水量：水量（m3）＝井水深（m）×［水面半径（m）］2×3.1416 漂白粉投加量可按下式计算：漂白粉投加量（克）＝井水量（m3）×加氯量（mg/L）漂白粉有效氯含量（%）例如：井水量为5立方米，加氯量为每升2mg，漂白粉有效氯为25%，漂白粉投加量为40克。方法：将40克漂白粉加少量水调成糊状，再加适量水搅拌，静止0.5-1小时，将上清液倒入井内，用提水工具振荡数次，半小时后余氯达到要求的就可取水。每天取水高峰前投加一次上清液，每日消毒根据用水量应消毒1-3次。实际操作时按每立方米水加漂白粉15-20克，即相当于25-35毫升的干粉。
持续性消毒法将50克漂白粉加水少许调成糊状，装在塑料袋（塑料瓶）中，在袋上未装粉的部分打上几个孔眼，在有粉的部分也打上几个孔眼（井水量1吨打1个孔），整个装粉的塑料袋上要安装上浮标（可以用两头封闭的竹筒、塑料瓶等）沉入水中，随着提水时的振荡，漂白粉浸出液就不断渗出。更换时间按井水消毒消耗漂白粉量来估算，也可以测水中余氯来调整更换时间。一般每周更换一次。但该法在一些地区不适用，可能出现漂白粉硬化而不能释放有效氯。
如缸水是取自受洪水严重污染的江河水、湖水、塘水或被淹没尚未清理的井水时，进行缸水消毒前，应先进行混凝沉淀，使水澄清。投加量：硫酸铝50-100mg/L，即25公斤水（一桶）加1.25-2.50g明矾100-150mg/L，即25公斤水（一桶）加2.50-3.75g使用方法：先将固体药剂用少量水溶解，或捣成粉末后倒入缸水，然后用干净木棒按同一方向搅拌至水中出现矾芯，待静置澄清后（约0.5-1小时），倒出上清液备用。
消毒A. 缸水消毒用药量，采用漂白精片，大片每片可消毒100公斤，小片可消毒50公斤的水。B. 漂精片应碾碎后加水调成糊状；再加适量水搅拌混匀，倒入缸中，30分钟方可使用。
防止化学性污染物的水污染危害洪涝灾害时，水源的生物污染是严重和普遍的，但化学性污染有时在局部地区也有可能发生，因此，亦应提高警惕。
所有受淹的地区，当地政府应尽快将漂白精片送至每家每户，以保证无自来水供应的情况下开展缸水消毒，每户10片以上，并告知使用方法和保存方法，确保消毒方法的正确有效。
对井水消毒，要求水退后立即开展消毒，根据使用水量和水井的水量决定每天消毒的次数。（每月消毒次数＝每天用水量÷水井水量）一般每天消毒 1-3次。
水井消毒要求连续消毒15天以上。
要开展井水消毒的检查督导，定期抽查余氯情况，要求余氯达0.1mg/L 以上。
消毒药品下发要作好登记，消毒检查情况及时反馈，并根据效果监测情况及时调整消毒方法和投药量。