一、股权收购和资产收购混淆不清而发生的纠纷 资产并购是并购人之间的就购买资产达成的协议，而股权并购是并购的股东，的股权转让达成协议，从而转移股权的所有权的协议。实践中，企业在收购别的企业的时候，的资产就是股东的资产，所以先和对方的股东就主要资产购买达成了协议，然后，再谈的股权转让过来。 1、这里就发生了明显的矛盾，所有，其本身，的股东，股东处置这些资产可以通过股东来签署，的资产就是股东的资产，因为法律上，股东是一个独立的法律主体，而公司本身也是一个独立的法律主体，不能混淆对待。 2、而且资产并购后，公司只剩一个空壳，一般会要同业经营，甚至要求其履行清算程序注销。而有些并购把资产并购和股权并购混为一谈，在资产并购完成后，又签订股权转让协议，这样就给自己带来了巨大的风险。其一，公司的资产被并购后，公司已经没有存在价值，继续签订股权转让协议，只的一些隐藏的债务都由自己承担下来，使并购的成本大幅增加。其二、股权并购就包来控制全部资产，再签订资产并购协议，就是一个重复计价的过程，实际上造成了重大的误解。
二、股权转让协议没有股东会的批准 股权转让，在多个股东并存的情况下，的股东会批准转让，必须半数以上的股权同意转让方为有效。但是，经常股权转让的双方不履行这个手续，结果签订了股权转让协议后，工商行政管理部门不给过户，而即使过户了，其他股东提出异议的时候，也可能被法院宣告无效，因此造成购买了股权，也投了资，结果却被判股权转让无效。
三、没有通知其他股东，其他股东主张优先购买权 这种情况是和上述纠纷关联的，法的规定，同等条件下，其他股东有优先购买原股东对外转让的股权。在签订股权转让协议后，没有通知其他股东，也没有就转让进行股东会的表决同意，在股权转让完成后，其他股东可以以未能行使股权的优先购买权为由，要求确认转让无效，这种情况，很可能导致股权转让无效，或者受让人不得不再支付额外的钱来赔偿该股东。
股权转让必须要取得其他股东半数以上的同意，应该把股东会的决议作为转让协议的附件，同时要求该决议注明其他股东放弃优先购买权，并且签字才为稳妥。