先介绍最快的一种办法：超级训练（即踢球）。可以利用主题精灵在升级打怪的同时进行超级训练，提升全方位能力。超级训练共有四关，前三关是普通level，最后一关是专门针对努力值满的精灵设定的，每过一小关就可以得到相应礼物，水箭龟那一关的超级大礼是水之石，笔者进行了4次水箭龟关卡后得到了水之石。
值得注意的是，通关和精灵的等级强弱非常相关，比如到了第四关，通关分数可能是5000分，如果精灵太弱，每次攻击才几十分，想在2分半的时间内通关是非常困难的。所以要想通过水箭龟那关，主题精灵至少要是最终进化型才可以，所以即使是最快的方法，你也得等到30多级才能拿到水之石。
在第三个道馆所在地（电系道馆）里有一个反转对战3对3（即颠倒属性相克，火系克水系，电系克地面系等），你拿到7到9分就有一定几率（不高，10%左右，因为可能是其他石头）得到水之石。规则是：每效果拔群一次加一分，每效果一般一次减一分。由于他始终用的都是20级精灵，所以你带太强的过去肯定得不到7分（即7次效果拔群），要带20级左右的不停刷（当然保险起见要带一只强的，万一输了就gg了）。反转对战的精灵主要有：食人鱼（携带道具，无法一招制敌）、小磁怪、雷电球、格斗熊、大嘴娃、轻叶兽、月亮岩、太阳岩、豪力、胖丁、煤炭龟、跳跳猪、木果兽等。笔者不建议这种方法刷水之石，太烦了。
然后是较慢的方法，就得等到后期了，那个时候鸭神估计都四五十级了。首先是Mossdeep city（即第七个道馆所在地）附近水域有个小屋，里面可以用不同的碎片交换不同的进化石，蓝碎片交换水之石。我们需要先打败第七个道馆，学会潜水，然后在该城市附近水域潜到水底。在海藻中有许多四方块的空地，里面有隐藏道具，蓝碎片就在其中一个空地里。（很重要的一点是，由于潜水后不能使用道具探测仪，我们找到四方块空地后必须自己一个个去试，过程有些繁琐。）
最后一个办法是106号道路的渔夫（他在第二个道馆Mauville city左上方一个很角落的沙滩边），你可以经常和他对战，但只有等到他变成4只精灵、每只都46级时，打败他后他才会送你水之石。
我是打完精灵联盟后找他才发现的，有点晚，不过按照等级，很可能是打完第八个道馆之后就可以和最强的他战斗。
综上，超级训练是得到水之石最好的办法。