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在GCBI实验室如何做无监督聚类

无监督分组多用于公共数据的使用,数据使用者在不知道样本分组的情况下可以选择无监督分组,在样本分组的弹匡里选择“无监督分组”。注:无监督分组要求样本至少选择10个,所选样本必须来源相同芯片平台。选择之后点击下一步。
工具/原料

GCBI在线分析网站

方法/步骤
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无监督分组参数设置首先,选择最大分组数量。其次,进行高级设置。最后,点击运行,运行无监督分组程序后,方案编辑页面上方的样本分组按钮闪烁绿色圆点,当运行完毕后,样本分组按钮显示红色圆点,提示可以查询结果。

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(2)无监督分组结果:无监督分组会显示最佳的3个分组方案,由最优到次优向右排序。在结果页面,滑动推荐的分组来进行查看。a、  表格结果。1)  在结果弹窗的左上角选择要查看的分组;2)  显示对应的分组方案概览——饼形图;3)  显示分组详细信息(同一组样本用相同色系标示)。b、  在弹窗右上角可以切换查看的结果,可以查看方案对应的无监督参数;

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c、  图片结果。1)  delta area不同分组数下累积分布曲线下面积的相对差值,分组数与前一个分组数间相对差值变化越大则该分组数越有价值。

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2)  tracking plot追踪不同分组数下每个样本在组别中的分布情况,不同颜色代表不同的组别,颜色相同的样本间具有相似的特性。

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(3)添加到分组:点击选择合适的分组,添加到方案。注:无监督分组程序运行完毕后,可以多次独立添加分组到方案,即,如果推荐的是3-2-4三个分组,你可以将3分组方案、2分组方案、4分组方案都添加到方案中;添加的样本分组中同时涵盖了样本及其相关信息。如果需要更改相关参数或者重新运算,请点击重新设置。

注意事项

分析需要在GCBI网站上的实验室进行。

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