任何一种抗生素的单独使用都很难达到根除效果，并且容易使Hp产生继发性耐药。抗生素与铋制剂或质子泵抑制剂（PPI）联合应用不仅能减少Hp耐药菌株的产生，而且还能增加抗生素的活性以及抗生素在胃内的药物浓度。
克拉霉素和阿莫西林由于在胃内受胃酸影响较大，在选用时应尽量与PPI合用。而当选择克拉霉素和甲硝唑的三联方案时，META分析表明选择雷尼替丁枸橼酸铋（RBC）比选择PPI会获得更高的Hp根除率。 避免使用对Hp耐药的抗生素。当Hp对抗生素产生耐药时，应在治疗中避免使用这类抗生素，否则将严重影响Hp的根除治疗效果。在治疗前如能够做药物敏感试验，将有利于减少耐药菌株的产生，尤其是对那些曾用过不规范治疗的患者或者曾经正规治疗而根除失败的患者。
如果患者既往根除治疗中曾经用过甲硝唑或者克拉霉素，由于这两种抗生素容易产生继发性耐药，再次治疗时应尽量避免使用，如需要使用应当适当加大PPI或抗生素的用量，或者基于药物敏感试验的结果而使用。由于目前Hp对甲硝唑的耐药率逐年增加，国际上推荐可以考虑采用呋喃唑酮来替代甲硝唑作为一线治疗方案，以提高首次治疗的根除率。
选择PPI加阿莫西林和克拉霉素作为首选的治疗方案，而尽量避免首次治疗时合用克拉霉素及硝基咪唑类抗生素，以提高首次治疗的根除率。 对于连续治疗失败者建议间隔3-6个月之后再行Hp根除治疗，因反复治疗后会使Hp发生球形变而对抗生素越来越不敏感 。
寻找新的不易产生耐药的抗生素。氨基乙酸是一种简单的氨基酸，它是一些细菌的代谢产物，过量的氨基乙酸可以抑制细菌的生长，因此其被作为一种低毒性的非特异性抗菌剂而用于动物。体外研究表明，氨基乙酸对Hp有明显的抑菌作用，而且其对耐克拉酶素Hp同样具有明显的抑制作用，因此其有可能成为一种新的抗Hp药物。另外一种新的广谱抗生素rifaximin，其可在胃肠道内浓聚，体外实验表明其具有很高的抗Hp活性，也有望成为新的抗Hp药物。
努力研制和开发Hp疫苗，让Hp感染的防治变成现实。免疫接种是在大规模人群中预防和控制感染性疾病的经典和有效的方法，目前已经有很多学者致力于Hp疫苗的研究，有些研究已进入临床试验阶段，如将来能够研制出可用于人类的高效无毒的Hp疫苗，不仅可以减少患者的经济负担，而且可以避免耐药菌株的产生，并能够对已产生抗生素耐药的菌株有效。