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虚拟筛选原理及使用步骤

虚拟筛选(virtual screening,VS)是指基于药物设计理论,借助计算机的技术和专业应用软件,从大量化合物中挑选出一些有苗头的化合物,进行实验活性评价的一种方法,其目的是从几十个乃至百万个分子中筛选出新的先导化合物。
工具/原料
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基于谷歌内核开发的浏览器如谷歌、搜狗、360等等

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药物筛选管理系统的账号密码

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药物筛选管理系统

方法/步骤
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创建虚拟筛选:填写筛选信息完成创建。点击“创建”按钮:输入信息进行创建:必填信息:标题、筛选分子名称、筛选方法、筛选分子结果、筛选数据库、查询分子结构选填信息:标签、描述、是否公开(可选择要对哪些成员公开)筛选方法分为四类:子结构、二维相似、三维相似-WEGA。具体信息如下:子结构筛选表示寻找包含查询分子作为子结构的数据库分子;二维相似筛选表示计算查询分子与数据库分子的二维拓扑结构相似度;三维相似-WEGA表示采用WEGA算法计算查询分子与数据库分子的三维结构相似度;筛选分子结果有两种方式: 方式一设定相似度阈值,选取相似度大于该阈值的数据库分子作为筛选结果; 方式二选取相似度值由高到低排序后的前N个数据库分子作为筛选结果;

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查看:查看筛选信息与筛选结果

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筛选信息筛选信息可进行修改,点击“保存”按钮保存修改后的信息。“下载”栏目中可进行筛选报告、筛选结果分子的下载,筛选报告以PDF格式进行保存,筛选结果分子支持的下载格式为SDF与CSV。

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筛选结果筛选结果分子默认以表格形式展示,每个分子的左上角绿色数值表示该分子与查询分子的相似程度。可进行分子信息的编辑、选择、查询等。二维相似度筛选方法与三维相似性方法对应筛选结果的呈现有细微区别,二维相似性方法每个筛选结果分子的右下角可进行三维结构的切换,如下图所示:三维相似性筛选方法,筛选结果的右下角可进行分子叠合。

注意事项

“已公开的”一栏中显示的虚拟筛选任务满足两个条件:1,该用户别指定为成员参与该项虚拟筛选;2,该项虚拟筛选已设置为“公开”。满足以上两个条件的虚拟筛选项目将出现在“已公开的”栏目中。

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