多语言展示
当前在线:1789今日阅读:84今日分享:32

如何在pubmed中设计QPCR引物?

不少人都不会设计QPCR引物或者用专门设计QPCR的软件进行设计,导致QPCR引物设计过程繁琐。今天来教大家一种比较简便的设计QPCR引物的工具。
工具/原料
1

pubmed数据库(Home - PubMed - NCBI)

2

QPCR引物要求

方法/步骤
2

第二:进入pubmed主页后,将左上角的pubmed改成Ncleotide,在Advanced的上方空白框内输入你要设计的引物的名称,(比如趋化因子3,CCL3)种属(比如大鼠,Rattus),和mRNA。点击search。

3

第三:第二步完成之后会弹出很多条目的引物,选择你要的引物的mRNA那个模块。点击进入查看。

4

第四:第三块完成后会弹出你选择的引物的基本信息,包括引物出自哪篇文献,名称是什么,种属是什么,文献的题目和作者是什么等等跟引物相关的信息,此时挑选文献影响因子比较高,证明你选的引物引用度比较高,引物本身质量会比较好。(比方CCL3这条引物,来自文献Anesthesiology 120 (6), 1491-1503 (2014),影响因子和时间都比较好,可以选)

5

第五:第四步挑选完成之后点击右上方的Pick Primers。

6

第六:完成第五步后会弹出一个网页,其他部位的数据都不要修改,只修改PCR product size和PCR melting temperatures这两个部位的数据。分别修改如下图所示。

7

第七:完成步骤六后点击该网页最左下方的get primers。会弹出新网页,再点击新网页的check,即出现可供挑选的QPCR引物。

8

第八:根据QPCR引物的设计原则,我们需要挑选QPCR产物最短,温度最接近,GC越接近45%的,并且前导链和后随链的GC值都比较接近的,出现AT的数目不是很多的,并且引物特异性好,少存在转录变异副本之类的引物为最佳引物。

注意事项

严格掌握QPCR引物设计的要求,挑选最佳引物。

推荐信息