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调查终结报告的第一部分是标题，一般要将案件名称写进去，如：关于某某侵犯商标权案的调查终结报告。文字应当居中，从美观角度考虑，可以采用比正文大一号的字号，字体通常选择宋体或仿宋，以显示公文的严肃和端庄。
第一部分是案件来源。简单阐述案件的来源，和先期处置的情况。如：某年月日，某公司（或人）到我局投诉某某商标侵权，要求我单位依法处理。接到投诉后，我单位立即派某某、某某等同志进行调查处理，发现了某某的违法事实。
第二部分是当事人的基本情况。需要有当事人的姓名（公司名称）、性别、年龄、身份证号码，企业性质、地址、营业执照号码、有效期、地址等等。这一部分格式比较固定，一般就按照上面的前后顺序，一是符合阅读习惯，二是主次清楚。
第三部分是调查的经过。简单阐述接到投诉后开展了那些措施：一般先介绍检查是发现的线索，固定涉案证据的情况，查封扣押涉案物品的情况，调查取证的情况。这一部分的阐述也不要太多，有行为记录的就简单阐述，没有法律事实的不写或者一笔带过。
第四部分违法事实和证据。先阐述违法事实，就是把第三步调查取得的成果进行罗列，形成事实结论。如：经依法调查核实，某年月日，某某利用其店面（）、采用某某方法，商标权，涉及产品多少件，价值多少元，其中已销售多少件，价值多少元，未销售多少件，价值多少元。认定以上事实的证据有：1、进货单；2、检查笔录、照片；3、鉴定意见。。。这一部分的书写，根据案件的具体情况，做合理安排。比如涉及多次的要分别罗列事实，最后附上证据清单。在证据清单上，也要将被侵权方的投诉请求书、营业执照等相关法人和商标所有权和使用权证明列举出来。
第五部分就是为案件定性了。这部分很关键，就是根据调查的事实和证据，依照法律、法规规定，说明侵权人的行为是违法的，根据法律规定这种违法行为应当受到怎么样的处罚。在调查过程中，侵权人是否有法律规定的从轻从重处罚的情节，如果有，需要在什么幅度内进行裁量处罚。一份调查终结报告做的好不好，主要是看认定的事实是否准确，法律依据是否充分，自由裁量是否适当。
第六部分是法律依据和处罚建议。应当阐述侵权行为的违法性，体现这种行为不仅仅商标的侵犯，更是侵犯了市场经济秩序和知识产权保护，如：为了维护公平竞争的市场环境，保护商标所有权人的合法权益，根据某某法，第几条、第几款（项）的规定，某某的行为已经构成商标侵权，违法数额多少元，其中销售金额多少元，未销售商品金额多少元，根据某规定，违法金额应当怎么处罚，鉴于其事后认识错误，家中困难，根据某某规定，可以从轻处理。综上所述，建议对某某商标侵权作如下处理：1、。。。2、。。。
最后一个步骤就是尾部的署名。在尾部的右下角签署办案单位名称，正式文书需要加盖公章。在下一段右侧，填写调查人，由二名调查人签字。最后落款时间年月日。注意一下，调查人需要有执法权。
个人经验、仅供参考；
根据情况，选择论述；
调查人有需有执法权；
部分图片来自网络。