不同规模纳税人“营改增”计税方法各有不同 根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》(财税[2011]111号)的相关规定，试点纳税人因规模大小、会计核算是否健全，是否能够提供准确税务资料分为一般纳税人和小规模纳税人。一般纳税人适用一般计税方法，其应纳税额是指当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。小规模纳税人适用简易计税方法，其应纳税额是指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。 无论适用哪种计税办法，试点纳税人首先要注意其销售额要进行换算，即换算为不含税销售额;其次，适用一般计税办法要注意哪些情况下，应当取得增值税扣税凭证及哪些情况下，取得的增值税扣税凭证上注明的税额可以作为进项抵扣，这是在上海试点过程中，纳税人由于对增值税税收政策不熟悉而导致易出现问题的地方。另外，北京等八省市试点纳税人需注意，财税[2012]71号文件废止了 “试点地区应税服务年销售额未超过500万元的原公路、内河货物运输业自开票纳税人，应当申请认定为一般纳税人”的规定，给这部分纳税人适应“营改增”税收政策变化的时间，减轻了负担。
“营改增”会计核算增设“营改增抵减的销项税额”专栏 财税[2011]111号文件规定，试点纳税人提供应税服务按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给非试点纳税人(指试点地区不按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人和非试点地区的纳税人)价款后的余额为销售额。这一规定是一个过渡政策，目的为保证纳税人在试点前后的利益不受损失。由于相关业务特殊，如何准确的进行账务处理，并正确的计算应纳税额。之前，上海市财政局曾出台过相关文件，就试点有关差额征税的会计处理规定按照税法规定允许扣减的增值税额，借记“应交税费——应交增值税(销项税额)”等科目。 但这与财政部规定该科目的核算内容并不一致。为及时解决“营改增”试点过程中的问题，财政部在第二批省市试点之前，下发了《营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定》(财会[2012]13号)，规定一般纳税人在试点期间，提供按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除其支付给非试点纳税人价款应税服务的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额。而小规模纳税人按规定扣减销售额而减少的应交增值税应直接冲减“应交税费——应交增值税”科目即可。
取得过渡性财政扶持资金应确认收入 根据国家明确的“改革试点行业总体税负不增加或略有下降，基本消除重复征税”的税制改革原则，上海市在“营改增”试点过程中，决定对因新老税制转换而产生税负有所增加的试点企业按照“企业据实申请、财政分类扶持、资金及时预拨”的方式实施过渡性财政扶持政策。而这一政策在第二批试点地区能否给予，还需八省市财政部门出台相关文件。而对于这笔由于在新老税制转换期间，因实际税负增加而由财税部门给予的财政扶持资金，属于政府补助性质，如果纳税人在期末，有确凿证据表明企业能够符合财政扶持政策规定的相关条件且预计能够收到财政扶持资金时，应当计入“营业外收入”科目。同时，应按照《企业所得税法》的规定确认为收入，缴纳企业所得税。
初次购买增值税税控系统及缴纳的技术维护费支出可抵减 “营改增”之后，按照国家税务总局关于建设“金税工程”的规定，试点纳税人需要购买包括金税卡、IC卡、读卡器或金税盘和报税盘在内的增值税防伪税控系统专用设备，以后还要缴纳技术维护费。为减轻纳税人这部分负担，财政部 国家税务总局出台了《关于增值税税控系统专用设备和技术维护费用抵减增值税税额有关政策的通知》(财税[2012]15号)，规定自2011年12月1日起，增值税纳税人购买以上二项费用可在增值税应纳税额中全额抵减，当月不足抵减的可结转下期继续抵减。但此项政策仅限于初次购买增值税防伪税控系统专用设备的费用。这二项费用在增值税应纳税额中全额抵减后，其进项税额不得从销项税额中抵扣。 对于以上业务的会计处理，财会[2012]13号文件明确增值税一般纳税人初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费允许在增值税应纳税额中全额抵减的，需要在“应交税费——应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，用于记录该企业按规定抵减的增值税应纳税额。
小规模纳税人按规定抵减的增值税应纳税额可直接冲减“应交税费——应交增值税”科目。