1，样本制备 尽快解离获得的新鲜组织样本，制备成细胞单分散悬浮液，若时间不允许，可使用组织保存液对其进行低温运输或保存，保存条件为4 ℃冷藏但不可冻结，保存时间最多48 h； 建议通过预实验优化不同类型组织酶解的最佳条件，以提高组织解离获得的细胞总数量；细胞团、组织碎片或细胞碎片会导致计数不准确，杂质颗粒可能会造成芯片上的微流通道被堵塞，致使GEM制备失败，应使用细胞滤筛、死细胞去除（磁珠）试剂盒、碎片去除试剂盒等提高样本纯度和活性；若样本含有大量的红细胞，应使用红细胞裂解试剂进行红细胞去除；仪器捕获率为65%，上机分选样本需要根据细胞浓度和目标捕获数计算，并将样本浓度尽量调至官方推荐最佳上样浓度范围（700-1200 个/uL）。
2，样本保存制备好的样本应时刻置于碎冰上保持活性等质量，细胞悬浮液确定达标后应尽快上机（<30 mins），敏感脆弱细胞类型尤其需要注意实验时间；推荐将样本重悬于1x PBS（无钙镁）+0.04% BSA环境中（清洗也使用此体系），经官方验证可对细胞进行重悬的替换Buffer或培养基如下所示：几乎无影响：DPBS、HBSS；影响较小：EMEM+10% FBS、DMEM+10% FBS、IMEM+10% FBS、RPMI+10% FBS、Ham's F12+10% FBS、1:1 DMEM/F12+10% FBS。
3，实验细节上机前应进行样本清洗，细胞数目特别少时，可仅离心清洗一次，但必须保证去除钙镁离子和EDTA，建议使用宽口枪头吹打细胞以保证活性，可向PBS中添加0.04% BSA减低细胞结团率；离心回收细胞时，一定要使用可控温平转子离心机，并调低离心机减速时的加速度（4-5），根据细胞尺寸大小等特征调节转速和时间（一般不超过400 Xg，5 mins）。
4，生信分析流程测序数据质量统计（比对基因组、基因表达定量）→ 细胞过滤与标准化→ 细胞亚群分类 → 差异基因筛选 → 差异基因功能分析（GO、KEGG）→ 标记基因筛选PS：信息来自网络，如侵立删。