患有肌肉、关节痛后，在针灸的同时如果辅以红外线灯做理疗治疗，可以为损伤部位的细胞激活提供所需要的能量，加速损伤部位组织的修复。皮肤患有疱疹性疾病后，如果使用红外线灯照射辅助治疗，可以加速疱疹的愈合。此外，红外线灯照射治疗对妇科和内科疾病如腹痛，腹泻，盆腔附件炎症也有一定的治疗作用。
在使用红外线灯做理疗时，也有一定的使用禁忌。当患有急腹症时，如果没有明确急腹症发生的原因，最好不要使用红外线做理疗治疗。因为在使用红外线灯照射后，红外线灯发出的热量会改善腹部的血液循环，使得腹部疼痛得以缓解，急腹症症状消失。但是病因并没有去除，导致急腹症的病情被严重，从而延误治疗，严重时，还有可能会对生命造成威胁。
在户外运动或行走时，如果不慎扭伤肢体部位，局部出现肿胀或疼痛症状，在扭伤48小时内，最好不要使用红外线灯照射，因为在使用红外线灯照射后，局部血管扩张，会加重受伤部位的肿胀或疼痛症状，不利于损伤部位组织细胞的修复。
身体受到剧烈撞击，如果发生内脏出血现象，最好不要使用红外线灯照射，因为在使用红外线灯照射后，局部血管会出现扩张现象，加重内脏出血，严重时，还有可能会对生命造成威胁。
在月经期，最好不要使用红外线做理疗治疗，因为在使用红外线照射后 ，会导致腹部血管扩张，增加月经量。患有肿瘤或癌症的患者，在发生恶变的部位，最好不要使用红外线灯照射，因为在使用红外线灯照射后，有可能会导致癌细胞扩散。
当面部危险三角的部位发生炎症时，最好不要使用红外线灯照射治疗，因为面部的静脉没有静脉瓣，在使用红外线灯照射后，会导致局部血管发生扩张，炎症部位的细菌和毒素会顺着扩张的静脉逆流到脑部或身体其他部位，出现颅内感染或败血症。
此外，孕妇，婴幼儿，老年人最好不要使用红外线灯做理疗治疗。身体的一些特殊部位，如睾丸部位，金属片移植部位也不能使用红外线灯做理疗治疗。