主要为害甜、辣椒茎基部及维管束，病株部分枝和叶片变黄萎蔫，茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。此外，木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，也可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展；尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状，拔出幼苗，主根变为黄褐色，次生根坏死脱落；茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，后腐烂，致幼苗枯死或矮化。
防治方法
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农业防治(1)精选品种。选好并整好育苗地块。选择优质品种，并对种子进行浸种+ 种衣剂处理，并适期播种。(2)实行与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。(3)田间管理。①精耕细整土地，悉心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，保证不积水沤根，施足基肥。②定植后要根据气温变化，适时适量浇水，防止地上水分蒸发、苗体水分蒸腾，隔绝病毒感染。要喷施促花王3号，促花芽分化，多开花，多坐果。 ③分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施辣椒壮蒂灵，增强植株营养匹配功能，使果蒂增粗，促椒体健康生长，增强抗病能力。(4)定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90%。使幼苗茁壮成长。
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生物治疗预防方案：在植株缓苗期和初开花结果期用植物源杀菌剂500倍液沿茎基部进行灌根，7天左右用药1次，每个时期连用2—3次。治疗方案：植物源杀菌剂300倍液+大蒜油15-20ml对严重病株及病株周围2—3米内区域植株沿茎基部进行小区域灌根，连灌2次，两次间隔1天，根据病情第2次用药后间隔3—5天再巩固用药1次；其余可采用500倍液进行穴灌预防1-2次，间隔3-5天。