熊猫酷巴生活在四川卧龙大熊猫保护区，他成天过着无忧无虑的生活，身旁总有吃不完的竹子，一天酷巴躺在早地上晒太阳。突然，四周剧烈的晃动起来，接着，一块巨石落了下来，酷巴来不及躲闪，顿时眼前一黑，晕了过去……
酷巴醒来发现自己在一片竹林中，周围都是装扮很奇怪的小动物，他们都非常惊讶的看着自己……这才发现原来身下压死了一只狐狸。
向左走遇到两个方向标，向上方向的对话对象依次为：武士、鸭妈妈、毛球、山甲大叔、蜥蜴。向左与漂漂菇对话。与漂漂菇对话完后此任务就完成。 再去找族长得到“活点地图”。帮助武士吧“铁铲”交给山甲大叔。山甲大叔在最上面，此任务很容易完成。再回去找武士得到“神勇之棍”。
去卧龙山赶走狼群，消灭20只狼后回神水村交任务。 此时可以向右走到图腾的那方保存游戏。 按数字键2可打开“活点地图”，使用方向键使小手指指向卧龙山，点击确定后画面进入卧龙山地区。
帮漂漂菇去二王庙找到她的妹妹靓靓菇。 到了二王庙后还是不停的打狼和蘑菇怪，不过这次的狼多了一种毛色偏红的，攻击力要比灰毛狼强。打到第八关的时候终于听到了靓靓菇的求救声。找到靓靓菇发现她是被怪博士给抓了，酷巴救了靓靓菇让她给回神水村，自己与怪博士展开了战斗。
将受伤的小鸭子送回部落。 回到神水村将小鸭子交给鸭妈妈，任务完成。
收集星星，激活6个守护神徽章。从天涡云找到博士的基地入口最终打败博士。 到了天涡云，旋风能将酷巴送到更高的地方。快到山顶的时候遇到了怪博士，打败怪博士后，他却再次消失了，酷巴发誓一定要找到怪博士。回到地图进入天空之城。一路打怪找到怪博士的研究所。连击彻底打败怪博士。
回神水村找长老，看是否有挽救小动物生命的方法。 到神水村找到族长，族长告诉酷巴要集齐12个守护神徽标，就可以打开蓝海漩，进入轮回之门就可以挽救小动物的生命。
时去找漂漂菇可获得500个星星 鸭妈妈那获得200颗星星 毛球那获得100颗星星 进入蓝海漩，一路打怪采集蘑菇，第七关碰到神将，神将答应酷巴利用轮回之门送酷巴到当时酷巴把能量石交给怪博士的瞬间，但是要在一分钟之内打败怪博士，否则轮回之门将失效，酷巴将消失在光年之中。 酷巴最终在一分钟之内消灭了怪博士，使得怪博士的能源计划彻底失败。
酷巴拯救了神水村，成为了真正的熊猫大侠！