益生菌可帮助身体恢复到最佳健康状态，在抗生素同时杀死好坏菌之后，益生菌能重建并维持菌群的平衡，对人体的健康及营养吸收十分重要。以下为六种补充益生菌的益处：
近年来胃肠不适的比例逐渐升高，而补充益生菌为改善整体肠道功能的最佳方式。若是坏菌掌控肠道，会导致腹泻、便秘、疲劳、头痛、胀气、恶心和想吃更多的糖份与精制碳水化合物；益生菌可增加肠道中的好菌，改善肠道功能。
不健康的肠道无法好好消化食物，这意味着人体所需的维生素、矿物质可能也无法有效被吸收。益生菌可有效抑止有害的生物并改善消化系统及营养摄取。
健康的肠道是提升人体免疫功能的关键。益生菌可帮助免疫系统辨识有害的病原体，如感冒、流感病毒等等；对那些有着自体免疫疾病而经常服用药物的人来说，益生菌更能帮助因为药物而被抑制的免疫系统。
研究指出，过胖的人肠道坏菌比瘦的人多，好菌却比瘦的人少；研究更显示，
这些坏菌会造成人体发炎，导致肥胖，使减重更加困难。加工食品、高糖饮食及不健康的脂肪只会导致坏菌和胰岛素阻抗增加，体重也跟着上升，健康的饮食才是维持健康的主要关键。
益生菌有助于治疗湿，疹及粉刺等皮肤疾病。研究发现，孕妇服用益生菌，宝宝患丨湿疹的机率只有一半；就算真的得了，症状的严重性也会大幅降低
跟肠道系统的情况类似，阴丨道的生态系统较脆弱，不易维持平衡，经常面对抗生素、杀丨精剂和避丨孕药的挑战。益生菌可重建菌群、预防酵母菌感染、尿道感染和细菌性阴丨道炎。
益生菌可从补充品或是发酵产品中摄取。不过由于食品关系到自己的健康，消费者在购买商品前，应对商品有充分的了解，选择适合自己的产品，因为不是所有列在成分表上的菌种都对你有效，要混用不同的益生菌时建议向专家咨询。也别忘了，良好的生活方式和无毒营养的饮食是确保益生菌发挥最大效益的不二法门，懂得减压也很重要。