一、税收优惠1、技术开发、技术转让合同可以免税，全免增值税（营业税），技术转让合同还可免500万以内的所得税；技术服务合同、技术咨询合同，不能免税；如果技术服务、技术咨询业务想免税，服务内容必须合并到技术开发合同中。2、技术合同认定审核成功前，由于没有合同登记编号，开出发票的金额不能免税；审核成功并到税务局备案后再开发票可免税；3、超出合同有效期限，开出发票的金额不能免税；因此，在签合同时，合同有效期限要比合同履行期限长一些，给开票留出时间；4、开具的增值税普通发票可以免税；增值税专用发票不能免税；5、免税金额并不是认定技术合同中填写的金额，而是在技术合同认定后，按实际开票额免税。并且开票金额类型、开票时间都在一定的条件之内。
二、技术合同认定1、技术合同认定由乙方（研发方或收款方）申报；2、研发费用加计扣除的研发合同也需要申报，到区级审核即可，无需市级审核；3、技术合同最后一页盖章，说明区级审过，可以做加计扣除；
三、技术合同填报实务1、技术开发合同、技术转让合同与技术服务合同、技术咨询合同的本质区别？技术开发合同有新成果产生、技术转让合同有成果转让；是否有成果的产生与转让，是技术开发、转让合同与技术服务、咨询合同的本质区别。不在于技术含量的高低和合同金额的大小。2、合同有效期限与合同履行期限说明① 合同有效期限：指合同的有效期，开发票的时间必须在合同有效期内才能免费；填写位置在合同首页，如下图所示：② 合同履行期限：指乙方做项目研发、交付甲方进行验收需要的时间期限。③ 合同有效期限要绝对大于合同履行期限，以便为项目验收后开票留出足够的时间。
4、验收时样品、样机的数量验收时乙方提供的样品、样机的数量必须是1-2套，不能大于2；大于2界定为销售合同，不能免税。
5、能在主合同中说清楚的，不要见附件研发细节尽量在主合同中说清楚，使审核人员可以很方便的确认；如果在附件中，附件一定要上传。
6、经费免税，报酬不免税在研发经费、报酬及其支付方式项中，填写的经费可以免税，报酬不能免税。
7、研发经费购置设备的归属如果财产权归甲方，则这部分不能免税；归乙方则可以免税。
8、仲裁委员会的填写全国所有仲裁委员会都不加“市”，如“上海仲裁委员会”，不是“上海市仲裁委员会”。原因仲裁委员会是民间机构，不能加市，比如企业也是民间机构，上海**，不能是“上海市**……”；政府机构必须加市，如“上海市民政局”
9、条款增加2003版技术合同，大项条款是固定的，如果需要添加，可以随时添加
10、甲已双方签字法人如果不能签字或签章，可以委托代理人。代名义的授权书。名义授权（盖公章）即可，无需法人签字。