1、侵犯软件著作权罪刑侦手段滞后 由于计算机软件自身的技术性特征，给软件盗版犯罪的侦破带来了很大困难，这是侵犯软件著作权罪在司法实践中存在的突出问题。按照法律经济学中的将犯罪率取决于风险和收益的“威慑假说”，遭受拘捕、判罪和处罚的概率的增加和刑罚严厉程度的提高，会对可能犯罪的人具有威慑效应，阻止其实施犯罪行为。而案件的低侦破率意味着盗版者受到刑罚惩罚的概率大大降低，从而降低了侵犯软件著作权罪的犯罪成本，使得刑罚功能无法充分实现，而对侵犯软件著作权罪刑事制裁的缺位，也正是公众对软件盗版犯罪认知程度低的重要原因之一。
2、侵犯软件著作权罪认识存在偏差 司法机关对于侵犯软件著作权罪的行为的严重性存在着认识上的偏差，更大的注意力放在有重大社会反响的刑事案件上，尤其放在传统的杀人、强奸、抢劫等严重侵犯公民生命财产安全和社会安定的案件上，对于侵犯软件著作权罪这样的所谓“文明犯罪”就不那么关注了。在某种意义上，这也是侵犯软件著作权罪在司法实践中打击软件侵权行为效果不理想的原因之一。
3、侵犯软件著作权罪缺乏有效的保护手段 侵犯软件著作权罪的根本目的在于对软件著作权人合法权益的保护，如果版权人自身没有从诸多救济途径中真正获取利益，那么这样的救济就不可能发挥好的作用。实践中，由于我国缺乏针对软件盗版犯罪特点的相应刑事法律手段、程序，比如立案要求的证明标准、侵权扣押程序等，致使版权人往往无法挽回因盗版软件所造成的巨大经济损失，这就导致本来对于打击软件侵权有很大作用的侵犯软件著作权罪，在司法实践中的效果并不是很好。
4、侵犯软件著作权罪机构分工不明确 我国目前的版权保护体系主要可以分为三个方面，即司法机构、行政执法机构和自发形成的行业性社团组织，享有软件版权的企业或个人在发现软件盗版后可以采取以下措施寻求救济。对于侵犯软件著作权罪而言，根据我国刑事诉讼法的有关规定，其侦查、起诉和审判分别由公安机关、检察机关和审判机关负责，行政机关在执法过程中发现存在刑法规定的犯罪行为应当及时移送司法机关处理。除去本文曾经提到的认识领域以及立法方面的原因，机构分工不明确、移送程序不完善也是侵犯软件著作权罪在司法实践中存在问题的重要原因。
因此，侵犯软件著作权罪在司法实践中要想更好发挥打击软件著作权侵权的作用，需要解决上述几个问题。