Needleman Wusch算法全局比对（Java）

Java

Netbean

该代码对回溯步骤进行简化，仅返回一个最优解，但是该方法简单，适合初级编程者，自学所用。源代码：/*Needleman Wunsch是一个全局比对算法，可用于DNA和蛋白质序列的全局比对*/public class Needleman_Wunsch {/*全局变量用于回溯是的指针*/    static int l=0;    public static void main(String[] args) {/*比对的两列字符串*/       String t='GCGCAATG';       String p ='GCCCTAGCG';/*创建H矩阵用于打分，成为打分矩阵，创建D矩阵用于回溯，成为指针矩阵或者方向矩阵*/       int tlen=t.length();       int plen=p.length();       int [][] h=new int[tlen+1][plen+1];       int [][] d=new int[tlen+1][plen+1];/*初始化矩阵，第一列或行为deletion后者insert,扣分2*/       for(int i=0;i<1;i++){           for(int j=0;j=0&&j>0){         int start = d[i][j];         switch(start){             case 1:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;break;             case 2:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;             case 3:sb.insert(0, '-');j=j-1;break;             case 4:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;             case 5:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;break;             case 6:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;             case 7:sb.insert(0, t.charAt(i-1));i=i-1;j=j-1;break;              }         }              String result =sb.toString();         return result;         }    }

结果分析：Target sequence:G C G C - A A T G Source sequence:G C C C T A G C G此结果为最优解之一。

需要对该理论有深刻理解推荐阅读《生物信息学导论》

对Java基础编程扎实