又是一年论文季,学生物的同学们是不是还在为不知道怎么建立系统发育树而烦恼,不用着急,现在告诉大家最简单的系统发育树的制作,希望大家学完后都会建立系统发育树。
工具/原料
1
MEGA7.0
2
可上网的电脑
方法/步骤
1
打开NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,通过下拉列表的蛋白框,点击进入,输入蛋白序列号,下载你需要制作成发育树的蛋白序列。
2
将下载好的发育树序列复制到一个文本中,如图中整理。
3
下载并打开MAGE7.0软件
4
在上方选择Align—Create a new alignment点击OK,选择蛋白序列。弹出第二窗口将文本文件全选—复制—粘贴进来。
5
点击上方的手臂Align selscted with MUSCLE(就是手臂按钮)
6
点击下拉列表,选择默认的值就可以,直接√,并在窗口左上方点击Data-Phylogenetic Analysis。
7
窗口最小化,回到最原始的界面。编辑菜单中选择Phylogeny-Neighbor-Joining Tree(采用邻接法)。改变选项中的参数为1000,下方点击√。
8
此时软件就做好了系统发育树。
9
如果对字体及字的大小不满意,可以对发育树进行修改。点击页面红色标记的地方,别忘了保存哟!至此发育树就完成了,希望大家都能做出自己满意的系统发育树。
注意事项
1
发育树一定要建立外群,否则发育树没有意义。
2
同学们也可以尝试不同的建树方法。
上一篇:家长如何预防孩子性早熟