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主成分分析(PCA)

主成分分析也称主分量分析,旨在利用降维的思想,把多指标转化为少数几个综合指标。在统计学中,主成分分析(principal components analysis,PCA)是一种简化数据集的技术。它是一个线性变换。这个变换把数据变换到一个新的坐标系统中,使得任何数据投影的第一大方差在第一个坐标(称为第一主成分)上,第二大方差在第二个坐标(第二主成分)上,依次类推。主成分分析经常用减少数据集的维数,同时保持数据集的对方差贡献最大的特征。这是通过保留低阶主成分,忽略高阶主成分做到的。这样低阶成分往往能够保留住数据的最重要方面。但是,这也不是一定的,要视具体应用而定。
工具/原料

python

方法/步骤
1

主成分分析的目的在于降维,使用最少的数据来表示一个样本。让方差大的维度或者说特征来代表样本。

2

首先需要对数据进行标准化。m=mean(data,axis=0)s=std(data,axis=0)data=(data-m)/s

3

获得协方差矩阵,用于计算变量间的关系。获得主要变量及其组合。c=cov(transpose(data))eigvalues,eigvectors=linalg.eig(c)indexes=argsort(eigvalues)indexes=indexes[::-1]eigvectors=eigvectors[:,indexes]eigvalues=eigvalues[indexes]eigvectors=eigvectors[:,:k]

4

获得处理后的数据,以及计算方差累计值。x=dot(transpose(eigvectors),transpose(data))y=(transpose(dot(eigvectors,x))+m)*sprint(sum(eigvalues[:k])/sum(eigvalues))

5

import numpy as npfrom mpl_toolkits.mplot3d import Axes3Dimport matplotlib.pyplot as pltfrom numpy import *x = random.normal(5,.5,1000)  y = random.normal(3,1,1000)z=random.normal(0,1,1000)a = x*cos(pi/4) + y*sin(pi/4)  b = -x*sin(pi/4) + y*cos(pi/4) c =- z*sin(pi/4) + -y*cos(pi/4)k=1data=zeros((1000,3))data[:,0]=adata[:,1]=bdata[:,2]=cm=mean(data,axis=0)s=std(data,axis=0)data=(data-m)/sc=cov(transpose(data))eigvalues,eigvectors=linalg.eig(c)indexes=argsort(eigvalues)indexes=indexes[::-1]eigvectors=eigvectors[:,indexes]eigvalues=eigvalues[indexes]eigvectors=eigvectors[:,:k]print(sum(eigvalues[:k])/sum(eigvalues))x=dot(transpose(eigvectors),transpose(data))y=(transpose(dot(eigvectors,x))+m)*sfig=plt.figure()ax=fig.add_subplot(111,projection='3d')ax.scatter(y[:,0],y[:,1],y[:,2],c='b',marker='o')ax.set_xlabel('X_label')ax.set_ylabel('Y_label')ax.set_zlabel('Z_label')plt.show()代码演示,如上。包括数据生成的方法。

6

可以通过改变k值,变换数据,压缩数据。可视化图形如下。

注意事项

k值得选择对结果影响较大

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