等所有器具完全干了以后，将新鲜牛奶导入广口瓶中，同时加入开啡尔粒，比例大概为1升牛奶混合1勺开啡尔粒，用木勺轻轻搅拌几下，盖上瓶盖，等待一段时间后开啡尔酸奶就做好了。广口瓶瓶盖上最好有一圈橡胶垫，便于开啡尔在发酵过程中产生的气体溢出，如果瓶子密封性很好的话，牛奶最好不要超过瓶子容量的2/3，并且如果你的发酵时间很长的话，最好隔一段时间打开瓶盖再马上和上，不然瓶子可能会被发酵产生的气体撑破。一般玻璃密封罐盖上都有一圈橡胶垫，能轻微透出一点气体。
开啡尔粒能够适应很广的温度范围，一般室温下都可以，温度越高发酵越快，超过40摄氏度颗粒可能会失去活性甚至慢慢死亡。所以连酸奶机也不需要了，一般室温下放置12小时后牛奶开始慢慢凝结，大约24小时得到的酸奶较稀，也不是太酸，相对有点甜，放置48小时得到的酸奶较厚，同时变得很酸,温度越低发酵越慢，酸奶也月厚实，具体时间依据个人的喜好自己掌握。开啡尔酸奶的发酵过程根据温度和开啡尔粒的比例而变化，一般温度越高，开啡尔粒比例越高发酵越快，夏天发酵很快。自己能做几次的话应该很快能掌握一定规律。不同发酵时间产生的营养成分也不同，对健康带来的益处也不一样，比如长时间发酵的开啡尔能显著增加叶酸成分。
开啡尔酸奶发酵好后打开瓶盖，可以发现酸奶已经凝结，可能有少量乳清溢出，发酵时间越长溢出的越多。上面漂浮着开菲尔粒，周围裹着一层粘稠的胶状物，这是开啡尔多糖，它们有着独特的功效。用木勺轻微搅拌均匀，便于用塑料滤网把开啡尔酸奶过滤到另一个干净容器中，最后滤网中留下的就是开啡尔粒，可以发现颗粒比之前放入的增加了，这就是开啡尔粒的神奇之处，它在发酵过程中会自己生长，发酵过程越长生产出来越多，就是说你喝到的自制开啡尔酸奶确实是活性的。这些开啡尔粒周围仍旧裹着开啡尔多糖，没关系，这些多糖是难得的好东西。和上面的过程一样，它们又可以重新用来继续发酵新的牛奶。其实一般制作开啡尔时说的开啡尔粒就是指的裹着开啡尔多糖的开啡尔粒，也叫开啡尔培养菌，很少特意将他们分开。如果你暂时不想继续做了，我们会接着介绍如何保存开啡尔粒（开啡尔培养菌）。
将牛奶倒入玻璃密封罐中
发酵好之后打开密封罐(开啡尔粒漂浮在上层)
准备好过滤用的器具
将发酵好的开啡尔搅拌均匀
倒入滤网中过滤
一定时间后析出的开啡尔粒，周围很多粘性的开啡尔多糖。可以一起投入牛奶中进行下一次发酵，不需要冲洗。
倒入碗中的开啡尔酸奶，光洁圆润。
如果将开啡尔粒周围的开啡尔多糖冲洗掉，就能看到前面介绍中描述的白色花椰菜状开啡尔粒
说了这么多，其实自制开啡尔酸奶很简单，需要注意的是开啡尔粒不能接触金属，所以除了容器要用玻璃的，其它接触到的东西也都不能是金属的，最好用塑料滤网，木制搅拌勺等。制作好的开啡尔酸奶可以放在冰箱中保存。