植物学分类法：依照植物自然进化系统，按照科、属、种和变种进行分类的方法。我国普遍栽培的蔬菜，除食用菌外，分别属于种子植物门双子叶植物纲和单子叶植物纲的不同科。采用植物学分类可以明确科、属、种间在形态、生理上的关系，以及遗传学、系统进化上的亲缘关系，对于蔬菜的轮作倒茬、病虫害防治、种子繁育和栽培管理等有较好的指导作用。常见蔬菜按科分类如下：
十字花科（Cruciferae）萝卜、芜菁、芜菁甘蓝、芥蓝、结球甘蓝、抱子甘蓝、羽衣甘蓝、花椰菜、青花菜、球茎甘蓝、小白菜、结球白菜、叶用芥菜、茎用芥菜、芽用芥菜、根用芥菜、辣根、豆瓣菜、荠菜。豆科（Leguminosae）豆薯、菜豆、豌豆、蚕豆、豇豆、菜用大豆、扁豆、刀豆、矮刀豆、苜蓿。
伞形科（Umbelliferae）芹菜、根芹、水芹、芫荽、胡萝卜、小茴香、美国防风。旋花科（Convolvulaceae）蕹菜。唇形科（Labiatae）薄荷、荆芥、罗勒、草石蚕。茄科（Solanaceae）马铃薯、茄子、番茄、辣椒、香艳茄、酸浆。
葫芦科（Cucurbitaceae）黄瓜、甜瓜、南瓜（中国南瓜）、笋瓜（印度南瓜）、西葫芦（美洲南瓜）、西瓜、冬瓜、瓠瓜（葫芦）、普通丝瓜（有棱丝瓜）、苦瓜、佛手瓜、蛇瓜。菊科（Compositae）莴苣（莴笋、长叶莴苣、皱叶莴苣、结球莴苣）、茼蒿、菊芋、苦苣、紫背天葵、牛蒡、朝鲜蓟。锦葵科（Malvaceae）黄秋葵、冬寒菜。楝科（Meliaceae）香椿。
根菜类蔬菜（root vegetable）这类菜的产品（食用）器官是肉质根或块根，所以又分肉质根菜类（fleshy tap root vegetab le）和块根菜类（tuberous root vegetable）。前者包括萝卜、胡萝卜、大头菜、芜箐、芜箐甘蓝、根用甜菜等；块根菜类有豆薯、葛等。
芽菜类蔬菜（bud vegetable）这是一类新开发、种类还在不断增加的蔬菜，如豌豆芽、乔麦芽、苜蓿芽、萝卜芽等。绿豆芽、黄豆（毛豆）芽等是早就广泛应用的芽菜。有的书上把枸杞芽、柳芽、香椿也列在芽菜类中。
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