南宫云： 身份：男主角，18岁，蜀国持国使-名将赵云在昆仑山所拾得的男婴，因寄养在一姓氏为南宫的武术世家，便姓南宫。真实身世乃轩辕剑的转世。 组织：蜀国特种部队“五曜”之首，代号为“镇”。负责主要任务的执行。 性格：年少，重情义，在执行任务中追寻着真正的大义 武器：耍的一手好枪法
刘玉致： 身份：女主角，17岁，因机缘被蜀国皇帝刘禅收为义女。真实身世乃伏羲琴的转世。 组织：蜀国特种部队“五曜”成员，代号为“荧惑”。 性格：性格单纯，活泼 武器：铁琵琶
鸾风： 身份：女主角，年龄不详，容貌约20岁。真实身世乃炼妖壶转世。 组织：蜀国特种部队“五曜”成员，代号为“岁” 性格：冷静，顾全大局，神秘。 武器：神杖
君岚： 身份：男，名将之后，年龄19 组织：蜀国特种部队“五曜”成员，代号为“辰”。负责组织的暗线任务和情报工作。 性格：英勇，对蜀国死忠，诸葛亮死忠。 武器：弓
百里谷： 身份：男，术士，年龄17，表面身份为蜀国五曜成员，实则是魏国安插在蜀国的内奸。 组织：蜀国特种部队“五曜”成员，代号为“太白”。负责配合君岚的工作。 性格：貌似开朗团结，是跑龙套的，实则阴谋不断 武器：短手杖
序幕 上古有十大神器：轩辕剑、东皇钟、盘古斧、炼妖壶、昊天塔、伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石。传闻每一样神器在人间都有其聚灵，拥有十大神器之灵者，将获得无上的力量。而神器因凝聚了千万年的灵气，亦具有独立的情感，独特的爱与恨！ 这时轩辕剑和伏羲琴的人形出现，原来琴在剑身边弹奏了上千年，剑对琴从陌生到好奇，到习惯……逐渐……产生了一种奇怪的感觉……这种感觉又持续了上千年。伏羲琴想与剑隐居不管天界的闲事，但是剑说当世间不再有杀戮，不再有奸邪与背叛之时……便是世间无需轩辕剑之时…… 随后镜头跳转到九天玄路，巨灵神奉命捉拿不服天道的轩辕剑，双方大战。轩辕剑避至昆仑洞天，对封印之玉和套装做了说明。 在洞天深处伏羲琴赶来，劝剑不要与天界作对，剑说道当初轩辕将我造出来，并且赋予我力量和意志……正是为了世间的公平……我无法坐视天界的不公。 随后弹出两个选择，不管选哪个都是提示“某人好感度发生变化”。其实选择“琴儿，我不会忘记我们的约定！”则增加好感度，选择“琴儿，这是我的使命！”降低好感度。 伏羲琴离去之后，轩辕剑想起与伏羲琴在一起的时光，但是无奈必须继续前进，与巨灵神战至瑶池惊动了西王母。西王母痛下杀招，将轩辕剑拆分为阴和阳两柄剑，轩辕剑被撕裂后生成的两柄剑相互依存又相互不容，一出生即争斗不休。随后都被西王母下落凡间转世为人。伏羲琴悲恸却无可奈何，随后主动请求下凡陪轩辕剑，但代价是忘却所有在天界的记忆。 镜头跳转到昆仑山脚，年轻时代的赵云在追周瑜的途中拾到一个婴儿并托付给了南宫氏抚养。 若干年后……刘备曹丕相继去世，蜀汉丞相诸葛亮统领军政大权，屡次挥兵北伐。已有3次无功而返，近听闻魏帝曹丕新丧与驻防关中之曹真病死，遂发动第4次北伐。
蜀军大营 诸葛亮忧心北伐受粮草限制，魏军又龟缩不战，姜维献计说需要五曜配合。 随后说明蜀国已由持国使建立起一支成员为5人的秘密精英组织“五曜”，负责重要且特殊的任务执行，平日由多闻使和增长使下达任务。 多闻使与增长使说明形势，蜀汉围攻祁山，魏国新主曹叡谴司马懿接替曹真，抵挡汉军。汉军因蜀道难行，粮草渐渐不济，司马懿看出这点避而不战。我军粮草堪忧，必须诱敌决战否则将又会无功而返。 众人接受任务，绕到魏军后方奇袭车家堡，让魏军误以为汉军断其后路，逼其主动出击！ 鸾风先行出发探查，南宫云和刘玉致正面前进，君岚和百里谷则暗中接应。 这里刘玉致加入队伍，后面得知刘玉致就是伏羲琴的转世，但是大家都不知道。
奇袭车家堡 出蜀军营地来到世界地图，世界地图还是蛮漂亮的。进入在魏军大营，在外围与两个魏兵遭遇，发生第一场战斗。为避免惊动魏军的大军，两人学山猪和百灵鸟叫。 去车家堡，途中从花妖手中救下一个小女孩蓉儿，刘玉致在南宫云的授意下套出车家堡的位置。到达车家堡，见到三个武者守着五个闪闪发光的宝箱，打败他们后鸾风赶来，说发现车家堡并非魏军基地，而只是百姓为自保所修建的简易堡垒。 众人进入车家堡的密道内进一步探查，打败车家堡堡主车无痕之后，得知堡内确实没有魏军，都是为求自保而团结在一起的村民。一个老人说蜀军无义，原来车家堡原本准备投降蜀军，可是后来魏国援军到达战场时又投降了魏，所以蜀军之前对车家堡进行过一次报复性的屠杀，蓉儿的父母就是死在那场屠杀中。 南宫云放弃荡平车家堡的任务，转身准备离开时，车无痕不相信两人准备偷袭，此时君岚和百里谷从暗中杀出，阻止车无痕偷袭南宫云。君岚质问南宫云为何不按照尊使的命令杀掉车家堡的人，众人为是否要为达到目的而杀掉百姓而争执。最后南宫云勒令君岚回营。 在南宫云和刘玉致回去的时候，刘玉致问南宫云为何一再容忍君岚的无礼行为，南宫云说他和君岚从小一起长大，一直想做关羽和张飞那样的大将，再加上君岚是将门之后，将名誉看的很重，所以行事会比较极端。刘玉致回忆小时的情况，随后改“头儿”为“云哥哥”。 两人走后，君岚和百里谷又回到车家堡，言语之中君岚是要对车家堡百姓下手以完成任务。 南宫云回到车家堡，鸾凤加入，这时巨灵神出现，将众人带入神器坛，说明可以收集十大神器。而鸾凤对神器坛貌似并不陌生。 在回营途中被一个千年树妖拦路，打败树妖后得到18颗灵珠，可以将轩辕剑的神识升到第二级。
冲突 回营地，南宫云正要为未完成任务领罪，君岚打断南宫云的话说已经完成任务，南宫云和刘玉致十分愤怒但未言明。 多闻使吩咐新的任务，因为魏军主帅司马懿坚持坚守不出，蜀军求战不得，只得催促运粮。但在蜀栈道，粮道被一名神秘的白衣男用剑气摧毁。多闻使怀疑是魏国铜雀尊者中的白衣尊者。 同蜀汉的五曜部队一样，魏国也有自己的特种部队，称之为铜雀尊者。成员亦有五位：紫、白、青、黄、乌衣尊者，其成员的身份与地位大大高于蜀国的五曜。 南宫云和刘玉致、鸾凤去阻止白衣男子，君岚与百里谷则自告奋勇潜入魏营刺杀司马懿。 五人去执行任务之前，在一个石桌附近，南宫云质问君岚让他解释车家堡究竟是怎么回事，君岚不满南宫云的妇人之仁，两人对正确的行事方式有着不同的理解，最后君岚愤然离去。
蜀栈道初遇白衣男子 从蜀军大营的左边进入蜀栈道，栈道已被封锁，南宫云出示腰牌后进入栈道深处，只见一片狼藉，运粮车东倒西歪，却未见到任何人的踪影。就在众人奇怪时，南宫云感觉到一股剑气急速靠近。这时一团团巨大的剑气和烈火袭来，白衣男子华丽御剑登场。众人发现南宫云和白衣尊者都有着相似的强悍剑气，但都不得其解。双方一番争斗。双方无法分出胜负，此时黄衣尊者出现，告诉白衣尊者有人刺杀司马懿，随后白衣尊者离去。黄衣尊者将主角卷入一个迷宫。
幻忆谜境 在迷宫中，必须触碰四个幻忆晶石才能出来。但每次触碰晶石，都要战胜一个古兽。四个方位一共四个古兽，能力各有不同。 镇东古兽拥有高防御，镇西古兽拥有回血的技能，必须速战速决，不能打成持久战。镇南古兽拥有较高的攻击力。镇北古兽则拥有麻痹技能，主角被麻痹后无法攻击和使用技能，只能防御和使用物品。 打败四方古兽后出现一个出口，随后回到蜀栈道。黄衣尊者使诈想逃走，被三人围堵，将其打落山崖。战后鸾凤说黄衣是五个铜雀尊者中实力最弱的，若是遇到其他四个之一，我们三个不一定可以取胜。刘玉致问如果同时出现了两个怎么对付。南宫云表示会保护刘玉致，刘玉致说自己已经长大可以保护自己，并挺胸，南宫云注视着玉致傲人的胸脯，发现玉致不再是小女孩了……此时却不争气的吞了一口口水……
魏营救出伙伴 回到五曜营地，多闻使说车家堡一事并未惊动魏军。南宫云疑惑究竟是司马懿太厉害，还是有人走漏了消息？ 随后镜头跳转到魏国王宫，说明不久前一个神秘人向紫衣尊者（魏国皇帝曹睿）报告五曜的行踪，从言语中得知神秘人是潜伏在蜀军里的叛徒。此时在魏营，君岚对司马懿的刺杀因白衣男子的出现而失败。 南宫云等人担心君岚和百里谷的安危，南宫云决定去魏营探查，以接应君岚。 三人在魏营打败夏侯霸，救走受伤的君岚和百里谷。 回到营地，众人都因心中深处无法望去的记忆而烦忧，大家交流后增进感情。在没有任务的这几天里，众人捉鱼，狩猎，烤肉，喝酒，谈心，仿佛回到曾经自由而无忧无虑的时光……美好的时光总是短暂的，蜀军粮尽，粮道又无法打通，诸葛亮只得宣布撤退。
木门道击杀张郃 镜头跳转到魏营，魏军主帅司马懿与大将张郃在是否追击上产生争执。司马懿认为必有埋伏，不可追击。张郃则因日久不战十分不快，认为应该果断追击。 五曜营地中，多闻使得知张郃追击的情报，吩咐众人在蜀军撤退的路上设下埋伏，击杀张郃。南宫云让五曜整理好装备和伤药，准备出发！并让君岚与百里谷先行潜入木门道峡谷进行准备。 动身前南宫云发现鸾凤私下以纸鹤传书之术给未知对象发送消息，虽然心存疑虑却未明说。进入蜀军大营，见到蜀军已撤离，军营内变得杂乱荒凉愣愣发呆。刚进木门道，南宫云向鸾凤说出自己心中的疑虑，鸾凤却故作轻松的不做正面回答，南宫云也无可奈何。 在木门道峡谷，君岚找了一个地势险要的地方，派人在此扎好营帐，起火生灶，伪装成我军仓促撤退的样子。并派人主动袭扰张郃，然后引诱他追来。 原来君岚为达成计谋，主动牺牲了一批蜀军，南宫云心有不满却未打草惊蛇。张郃进入圈套后五曜出手，打败张郃，张郃不愿投降而自杀。此时乌衣尊者和赤衣尊者出现，欲对南宫云下杀招，鸾凤见状替南宫云挡住杀招。众人不敌，逃出木门道。
成都救治鸾凤 回到五曜营地，众人用尽方法都未讲鸾凤救醒，情急之下多闻使让南宫云带着鸾凤去成都找华佗的弟子蜀留香。 在成都找到蜀留香救醒鸾凤，并跟众人将了一个他自己的故事，他当年负心于一个名为萍儿的女人，若众人以后见到请告诉他。最后让主角对身边的人好一点，不要像自己一样悔恨却无法弥补那段感情上的遗憾。 三人在成都逛了几天随后多闻使出现，原来诸葛亮打算来年再次北伐，但遭到一片反对之声，北伐虽暂时搁置，但诸葛亮仍在积极准备。首要准备便是寻找当年张飞，关羽，赵云的兵器，从而获得极大提升战力的武魂，激励将士。 三人领命去寻找遗落在昊天塔地宫里的丈八蛇矛，多闻使让三人在地宫入口与君岚和百里谷回合。
昊天塔地宫取蛇矛 在昊天塔地宫入口，百里谷一反常态，唆使君岚不等南宫云到，先进入地宫取蛇矛，经不住百里谷的说辞，君岚进入地宫。 南宫云三人赶到后，在地宫三层援助君岚打败魑魅王，出现丈八蛇矛，同时开启昊天塔地宫中的藏宝室，可进入藏宝室打败昊天塔灵获得十大神器之一的昊天塔。 众人取了丈八蛇矛后回到昊天塔地宫一层，在这里多闻使出现，告诉众人青龙偃月刀的线索，去洛阳寻找身在曹营心在汉的徐庶。
曹操陵墓取青龙偃月刀 众人刚进洛阳城，皆表示没有来过洛阳，不知徐庶在哪。众人饥肠辘辘决定先找个地方休息。当晚，魏国王宫，黑衣人再次向紫衣尊者（魏帝曹叡）汇报。曹叡说绝不可让诸葛亮得到三神兵，更不能让五曜进入那里，否则他如法面对曹家祖宗，并说当年是曹操欣赏徐庶才留下他，如今他老矣已无用处，言下之意就是杀他灭口，以防他私通蜀国。 第二天众人找到徐庶，得知青龙偃月刀在曹操的陵墓中，原来曹操素来欣赏关羽，便将关羽的青龙偃月刀随自己陪葬，但曹操墓号称有七十二疑冢，其实是有阴阳、五行、八卦三层。徐庶正要告知破解疑冢的方法，几个武者出现，将徐庶劫走。 第二天众人来到曹操疑冢的入口，却中了埋伏，紫衣亲自带人来围捕五曜。众人正惊愕时，百里谷露出真面目，夺走南宫云手里的丈八蛇矛，站在了魏军一方。君岚问百里谷为何要这么做，百里谷说自己本名曹谷，因与曹操有远亲关系被张飞屠杀了全族，所以要反对蜀国，并夺走张飞的武器去祭奠死去的族人。 在这里打败赤衣和乌衣，紫衣正要下手，却被百里谷请求放过众人，百里谷只想取蛇矛，并不想要众人的性命。随后紫衣误伤百里谷，众人带着百里谷逃入疑冢深处。百里谷重伤而死，众人就地埋葬，众人惋惜，刘玉致更是十分不解，好好的朋友为什么会变成这样。 疑冢第一层为疑之阴阳，选择左边的阳极便可以进入第二层疑之五行，选择左下角的土便可以进入第三层的疑之八卦，同样选择左下角的方位震便可以进入真正的曹操墓穴。刚进入墓穴，玉致告诉大家他的琴感觉到了异常的杀气。 在曹操墓穴的内室，遇到青龙偃月刀所化身成的青龙，全身杀气的青龙带着关羽临死前的不甘和愤恨向众人攻击。打败青龙后得到青龙偃月刀。
盘古村寻白龙银枪 回五曜营地复命，通过丈八蛇矛和青龙偃月刀的指向，得知第三件神兵——赵云的白龙银枪在盘古村附近，刚进入盘古村，发现是一处颇有灵气的世外桃源，刘玉致想留在这里生活，南宫云表示职责在身，若天下已定，完成五曜的使命，再来此处居住。 在盘古村查找线索时被一个猎人误会打了起来，战后猎人招来村长谴责南宫云等人。并见到了一个失去记忆的白胡子老头，后来会得知他就是隐居于此的持国使赵云。 根据线索，众人上山在盘古洞天打败神灵，得到白龙银枪。 下山回到盘古村，发现多闻使在与白胡子老头交谈，似乎是认识。打过招呼后，多闻使紧急让众人去昆仑山寻找一种续命瑶花。此花一百年才会开一次花，可延长人的寿命，有续命的效果。 在鸾凤的建议下，去昆仑之巅找昆仑山女神求取一朵瑶花。
昆仑之巅取瑶花 众人来到昆仑山脚打败昆仑仙子，硬闯上山。随后镜头切换，三神兵不久落到诸葛亮手中，诸葛亮得到三神兵之后信心膨胀，不顾众人反对执意提前进行新的北伐。 众人继续在昆仑山寻找续命瑶花，在昆仑山巅见到昆仑山女神。 昆仑山女神告知众人，南宫云乃是轩辕剑转世，刘玉致乃是轩辕剑的恋人伏羲琴转世，鸾风乃是炼妖壶下凡。接受昆仑山女神的试炼后天界的入口开启（在昆仑山巅的天空之中）。 随后女神指引众人来到桃花源，见到避世于此的周瑜和小乔，原来周瑜当年并没有病死，而是随着小乔隐避于昆仑仙境中的桃花源过着二人世界，并且获得了青春永驻的秘诀。 众人从昆仑山女神处取得续命瑶花后回到营中。
颠覆的大义 回到五曜营地，发现之前在盘古村见到的白胡子老爹也在营地。原来他就是赵云，续命瑶花的作用是恢复持国使赵云的神智，延续他十年的寿命，清醒的赵云对五曜下达了一个不可思议的命令——诛杀诸葛亮，阻止他北伐。在众人惊愕中赵云说明了原因：为了恢复汉室而毁灭天下并非大义，真正的大义乃是消除战争。君岚第一个跳出反对，随后愤然离去。 为了成功刺杀诸葛亮，必须激发南宫云体内的轩辕剑之力。只有盗取三神兵，然后与轩辕的血融合，才能真正激发轩辕之力。鸾凤说道传闻轩辕黄帝与蚩尤大战时，有一滴血滴落在其佩戴的一块玉上，如果我们能找到轩辕玉，便等于找到了轩辕黄帝的血。此玉几经周折，现在就在盘古洞天里面。 在刘玉致的建议下，决定趁丞相去观星台祭天，先偷偷潜入成都的丞相府偷出三神兵。
轩辕古玉 在成都用计盗取三神兵，用调虎离山之计支开丞相府的守卫，然后潜入丞相府，打败守备大将盗走三神兵。 随后再次进入盘古洞天，经过盘古村，刘玉致希望能像周瑜和小乔一样找个世外桃源隐居不问世事，南宫云虽然同意，但是他必须先了结这一切。在盘古洞天打败轩辕玉灵，得到轩辕玉。
重获轩辕之力 来到昆仑山，寻求昆仑山女神帮助。经女神指点，众人决定去昆仑洞天复苏南宫云的轩辕之力。在轩辕玉与三神兵融合的过程中，白衣尊者感召到南宫云的轩辕之力，赶来破坏，轩辕玉被击毁。（boss白衣尊者此战允许失败） 在融合即将失败的关键时刻，刘玉致将自己的手腕割破，用自己的鲜血凝聚轩辕玉，不让轩辕玉的力量散开。南宫云获得真正的轩辕剑之力。再次与白衣尊者战斗，打败白衣，白衣逃走。（boss白衣尊者） 随后一道黑影闪走并射出一支利箭，箭上穿着一封信和君岚的腰牌，信中以铜雀尊者的名义说君岚被铜雀尊者囚禁，若有胆便来神农崖救人。
忠勇？背叛？ 众人赶到神农崖，在神农崖下发现了打斗的痕迹。众人上山，却得知这是君岚的阴谋，对诸葛亮死忠的君岚绝不允许任何人反对诸葛亮，于是编织了一个谎言引诱三人上山，以阻止三人去刺杀诸葛亮。（boss君岚） 战后南宫云不杀君岚，君岚自刎而死。临死前说道十年前曾与南宫云约定将来要做关羽、张飞那样的大将，驰骋沙场为国杀敌，用属于自己的兵器建立不朽的功勋。可是我们的路……永远也不可能实现…… 众人将君岚埋葬在神农崖，南宫云心中十分复杂。 下山途中可以在神农架里进入神农村，发现村民正是之前车家堡的百姓。原来君岚并没有杀掉车家堡的百姓，而是让他们迁移到了这里，远离战乱。君岚的形象在这里得到一次升华。
观星台-三种结局 众人来到成都，直上观星台，中途打败马忠和姜维，在观星台入口，白衣尊者感召到轩辕之力，再度出现，与南宫云缠斗。（boss白衣尊者） 战后，白衣尊者的血与南宫云的血交融，随后双剑合一，南宫云与白衣尊者的轩辕剑的神识融合，重生为轩辕剑，获得了当年大闹天界的轩辕剑的能力与记忆。 直上观星台，诛杀诸葛亮。（boss诸葛亮） 悲剧结局：对北伐的执着让诸葛亮走火入魔，将鸾风化成的炼妖壶劈开后出现时空裂缝，诸葛亮与南宫云被卷入时空裂缝，刘玉致却留在了现实时空。刘玉致在观星台等待南宫云归来……100年后……刘玉致的身体已经早已死去……伏羲琴也被西王母收回瑶池，但精神力依旧在观星台等待……剑与琴的传说也就此结束。 普通结局：诸葛亮因拥有神兵的武魂，无法杀死，鸾风决定还原为炼妖壶并将诸葛亮吸入。成都城内流传着魏蜀将停战的传言，成都的新兵训练营也解散了，小志回到爷爷身边，王安虎回到成都与小萱团聚。南宫云与刘玉致带着炼妖壶隐居昆仑山，继续轩辕剑与伏羲琴之恋的传说。 完美结局：成功诛杀诸葛亮，阻止北伐。成都城内流传着魏蜀将停战的传言，成都的新兵训练营也解散了，小志回到爷爷身边，王安虎回到成都与小萱团聚。在魏国王宫，曹叡下达了暂时停战，准备面对将来蛮族入侵的命令。鸾风回五曜营地向赵云告别，多闻使和增长使摘下面具，原来他们是费袆和邓芝。南宫云和刘玉致则带着萍儿去君岚墓前祭拜。最后南宫云和两位美女隐居昆仑山，与周瑜下棋聊天。剑与琴、壶的故事仍然继续。（注意要达成完美结局需找到16个家天下之魂）