在身穿一身黄色西装的大木博士的解说中，游戏开始了序幕下楼后，妈妈给了主角菜单栏的部分功能（这次菜单栏是下屏幕触摸式的，相比DP更进化一步）出门后遇到个小水鼠，发生了剧情。往左的房间，来到空木博士研究所，发生剧情，老样子，菊草叶、火球鼠、小鳄鱼三选一这代可以把PM带在身后了（小鳄鱼好可爱）离开研究所时，助手给了主角一个伤药出门后，看见男主角带着小水鼠再次发生剧情然后回家找妈妈拿手机，村口博士找主角发生剧情 往左边的29号道路前进，草地的变化非常大来到吉野市，门口的地图爷爷带主角参观城镇后，给了主角跑步鞋，触摸屏点一下跑步鞋就能跑步了往上方30号道路走时，地图爷爷会赶来给你地图 沿着30号路会遇到树果名人，给了主角树果30号道路有了分叉，左边有人堵着过不去，只能从右边分叉走往上遇到大木博士，得到精灵图鉴出门空木博士打电话过来，说有急事叫主角赶回若叶镇回若叶镇时经过吉野市，遇到神秘红发少年，二话不说，开战他用的是克制你的初始PM，但由于等级优势，轻松虐杀之回到空木博士研究所，发生剧情，给红发少年起名字之类的 再次出若叶镇，男主角会展示PM捕捉技巧，并给了主角精灵球再次往30号道路前进，堵路的同学已经离开。这时要开始和各种训练员战斗了。部分训练员会问主角要不要登记电话。登记的话，以后会找你PK或者给主角一些游戏情报。 一路来到桔梗市，男主角会送战斗记录器。往上走，就是喇叭芽塔。里面有许多和尚会找主角打，用的基本是喇叭芽顶层遇到红发少年，发生剧情后和和尚长老战斗，胜利后得到TM70闪光。然后就可以去GYM战斗了。里面的PM都是飞行系（也就波波为主）馆主 隼人LV9 波波LV13 比比鸟胜利后得到徽章以及盘老大秘奥义羽休出GYM，空木博士打电话，叫主角去商店拿东西。进商店，得到一个蛋（波可比） 往下方的32号道路前进。一路上训练师不少，注意安全。山洞通路前有医院，可以回复。山洞通路没什么可说，没有弯路。出了山洞通路，路过呆呆兽之井时，看到火箭队在欺负市民。暂时先不管 来到桧皮镇，医院左上的钢铁先生家中发生剧情再去呆呆兽之井，看到钢铁先生躺翻在地进去解决火箭队，钢铁先生会来感谢主角，并帮主角做精灵球然后可以挑战GYM。里面的PM以虫系为主。GYM里变化很大，踩上蜘蛛只要有绳子就会往绳子上走。过去把机关解除就可以到馆主旁边。馆主 阿笔LV 17 飞天螳螂LV15 铁壳昆LV15 铁甲蛹胜利后得到徽章和TM89蜻蜓点水出GYM往左，红发少年过来挑战LV14鬼斯LV16超音蝠LV18克制主角PM 进入桐树林，依旧是抓大葱鸭的剧情。这次大葱鸭的智商灰常高，一定要在它背面才行，踩到树枝它会转向。第一只引他到左下角，然后踩左下的树枝，再绕到他后面捉第二只引他到右上角，然后踩右边的树枝，再绕到他后面捉抓到后，得到HM01砍树。森林里某胖子会教主角摇树出森林后，是34号道路，训练员很多。遇到了男主角，并且看到饲养屋。通过34号道路，来到黄金市。黄金市非常大，里面的东西也非常多，百货大楼、游戏厅、火车站、GTS等设施都在这里先去广播塔，里面有奖问答问题答案分别是 对对错对错。回答正确可以拿到收音机。黄金城地下街可以得到装饰品盒子和游戏币盒子。然后去挑战GYM。里面以普通系PM为主。是个迷宫，没啥可说的。要注意的就是馆主的母牛，和当年的老版本一样难对付，不愧是母牛啊馆主 小茜LV17 皮皮LV19 母牛胜利后发生剧情，得到徽章和TM45诱惑。出门后去花店拿水壶，去自行车店拿自行车 往上方的35号道路前进。一路上训练员很多会路过自然公园，部分时候会有捕虫大会。（老版是周2、4、6）出了自然公园，是36号道路，沿路继续前进。有喷壶就可以把胡说树弄出来。抓住胡说树后，附近的人会送树果盒子，还可以得到HM06碎岩继续往上走，来到37号道路。沿路来到圆珠市 到达圆珠市，在医院里遇到正辉。医院左边房子里可以得到探知器。某个舞台里，遇到火箭队，上去虐杀之。里面的一个老人给主角HM03冲浪去城里左上的烧焦塔，里面发生大量剧情，遇到红发少年，开战LV20鬼斯LV22克制主角的PMLV20超音蝠LV18小磁怪战胜后下楼，三神兽跑路，发生剧情，之后便可以去GYM挑战了以鬼系为主的GYM这个GYM的路同样简单，可视范围不大，但貌似没啥难点馆主 松叶LV21鬼斯LV25耿鬼LV23鬼斯通LV23鬼斯通胜利后得到徽章和TM30影子球 往左边的38号道路前进，中途会到一个母牛农场。发生剧情后往39号道路继续前进，来到浅葱市一到浅葱市，就遇到红发少年从GYM出来，说馆主不在城的右下方有浅葱灯塔，地形较老版相对麻烦点。一路战斗到塔顶在塔顶遇到蜜柑姐姐，主角要帮她从海对面的湛蓝市拿秘药往左侧出城，就到了40号水道，顺路到41号水道，路上训练员多了逆天，建议贴着水路走然后就来到湛蓝市 到了湛蓝市，上方有水君，靠近发生剧情，米那君上来开打LV25 素利普LV27 顽皮弹LV25 鬼斯通在某个药店拿到秘药，然后就去GYM战斗，以格斗系PM为主先要把GYM里面的水龙头关掉，然后就能挑战馆主了馆主 四岛LV29火爆猴LV31快泳蛙战胜后，得到徽章和TM01气合拳出了GYM，门口的妇女会给主角HM02飞天 回浅葱市的灯塔，把秘药给蜜柑姐姐，就能回去挑战她了GYM里没有机关馆主 蜜柑LV30小磁怪LV35钢蛇LV30小磁怪战胜后得到徽章和TM23钢铁尾巴 回圆珠市，往右边的42号道路走，路上有个大叔从山洞冲出来，给了主角HM04怪力旁边还能看到水君和米那君沿路来到乔基镇。GYM被人堵路，只能往上方的43号道路朝怒湖走了上方有火箭队收过路费，当然，可以从旁边绕走到达怒湖后，进湖中间捕捉LV30的红色暴鲤龙（其实就是闪光的），顺便还能捡到红色鳞片，可以去得到图鉴的怪兽爷爷家换学习装置。回湖岸，遇到带着一只肥大的渡，和他约好在乔基镇汇合。 乔基镇某个有天线的房间里，发生剧情，原来这里就是火箭队基地里面的猫老大雕像，会引来2个火箭队队员。后面的点阵会遇到野生的炸弹。走左边的楼梯今年地下2层，渡在这里帮助主角恢复了PM继续前进到3楼，和渡对话得知门全都锁起来了，需要拿到密码才可以开门将此层的2个女性火箭队员战胜后对话即可获得2个密码从右上的楼梯返回2楼，继续深入，路上会遇到红发少年，不过不会开战打开大门，遇到火箭队BOSS，开战LV22超音蝠LV23瓦斯弹LV24拉达打败他后，跟着黑乌鸦走，然后会和渡组队打火箭队杂兵，渡会晒出他那40级的肥大。然后解决6只顽皮弹（主角打3只），这次不能逃跑了...解决这里后，渡会送主角HM05漩涡然后就能去打GYM了。以冰系为主的GYM这个会馆要推冰块，都是要先推左边的冰块。难度不大，多走几次即可。最后一个房间，推好冰块后，上右下左上右上右上左上就行馆主 古柳LV30 小海狮LV32 白海狮LV34 长毛猪战胜后得到徽章和TM07冰雹。一出GYM，空木博士就打电话过来，说黄金市被火箭队占领了 飞去黄金市，这里果然被火箭队占领了- -基本道路都被封堵了，只能进地下街。进入地下街发生剧情，主角乔装成火箭队成员，准备混入广播塔但是在混进广播塔时，红发少年过来揭穿主角，只能强打了3楼分叉，右边没钥匙不能进。一路杀上去，遇到个假台长，打败他后，得到地下街内部钥匙进入地下街，遇到歌姬，继续潜入，红发少年上来挑战LV30大嘴蝠LV32纽拉LV32主角精灵最终进化型LV28小磁怪LV30鬼斯通胜利后，按照蓝红绿开机关，可以到达地下仓库，救出真正的台长，得到广播塔钥匙然后就可以打开广播塔3楼的路，继续杀过去，打败火箭队干部LV35戴卢比LV35瓦斯弹LV38地狱犬然后广播塔台长过来，给了主角银色羽毛 回乔基镇，向右前进来到44号道路，尽头是冰之通路。第一个冰面的走法是上左上左下左上右。之后的冰面是右上左下左上右，取得HM07攀瀑拿到后进入2楼，将石头推到洞里，然后从洞里跳进去- -之后的冰面都相对简单很多，随便走走也就过去了，囧出口处的冰面遇到歌姬，然后就出洞了，来到烟墨市 烟墨市这里是最后一个GYM了，龙系的GYM这里的地板是漂浮的，红色机关是移动浮游台，蓝色是旋转。飘来飘去，就飘到了馆主面前。这个还是很难对付的，要小心馆主 伊吹LV38鲤鱼龙LV41海马龙LV38哈克龙LV38哈克龙打赢他后，他还不肯把徽章交出来，要主角进入GYM后方的龙穴进入龙穴后，利用漩涡进入深处的小屋，在这里要接受长老的问题考验。问：PM对你来说是什么1.同伴 2.手下 3.朋友问：你认为取得战斗胜利的关键是什么1.战术 2.育成 3.作弊问：你想要和什么样的训练师对战1.弱小的 2.强大的 3.随便问：你认为在育成中最重要的是什么1.爱 2.暴力 3.知识问：强的和弱的PM哪方更重要1.强的 2.两方 3.弱的回答好问题后伊吹出现，给了主角徽章，出口处又给了TM59龙之波动出了龙穴，空木博士打电话过来，让主角回若叶镇 回到若叶镇，博士给了一个大师球来到圆珠市舞场，又看到红发少年，他见到主角就跑路了。进去舞场，伊布5姐妹登场了，和她们车轮战，对手是38级的暗光火雷水5只伊布。全部战胜后获得铃铛，然后一小萝莉跑进来告诉主角和歌姬有巨大的精灵出现在铃塔（银灵版则是漩涡岛）。于是歌姬姐姐让主角赶快去铃塔（银灵版则是漩涡岛）。以下内容为金心版专属给看门的和尚展示过全套徽章后，他放心的让主角进入了塔内塔里的机关前几层还和老版一样是跳台，并不难解决后面则增加了传送机关，还蛮有难度的终于爬到塔顶后，看到舞姬5姐妹都在这里等着你了，5人通过舞蹈和铃铛的光辉，将凤凰召唤出来了金心版剧情结束以下内容为银灵版专属从浅葱市过去，右上的那个岛进入漩涡岛。然后选择上方的分叉道路，在尽头处遇到个和尚，向他出示银羽毛，就会让主角进去进入最深处洞穴，5个歌姬开始跳舞，海浪开始翻滚，然后路基亚从瀑布中冲出来银灵版剧情结束捉住路基亚后，就可以从若叶镇右边的27号水道进入关东地区。上岸会有人送了主角关东地图穿过瀑布后，一路向石英高原进发。路过有大堆训练员等着主角路尽头是王者之路，里面还是很多繁杂的机关在出口处遇到红发少年，开战LV36纽拉LV37三磁怪LV40主角精灵LV37鬼斯通LV37勇吉拉LV38大嘴蝠出了王者之路，到达石英高原，开始挑战4天王多买点药水什么的，准备面对5个人的车轮战 超能天王 伊月除了要小心迷唇姐外，呆河马皮很厚，也是比较讨厌的LV40天然鸟LV41呆河马LV41迷纯姐LV41椰蛋树LV42天然鸟毒天王 阿桔叉子蝙蝠很讨厌，臭臭泥也挺耐打的LV40大角蜘蛛LV43核果兽LV44叉子蝠LV41末入蛾LV42臭臭泥格斗天王 志霸好像没啥难点，我是用鳄鱼吃药硬打的LV42卡波拉LV42沙瓦郎LV42艾比郎LV46怪力LV43大岩蛇恶天王 卡琳暗伊布耐久高很烦人，其他几个好像也被我鳄鱼秒了- -囧LV42暗伊布LV47地狱犬LV45耿鬼LV44黑暗鸦LV42霸王花联盟冠军 渡感觉除了喷火龙，别的每一只都很烦人。还好鳄鱼有冰牙，三口咬死三只肥大。CK说最后一只50级的肥大，会逆鳞，很厉害。LV46暴鲤龙LV48喷火龙LV48化石翼龙LV49肥大LV49肥大LV50肥大 然后就是登入殿堂的画面，以及通关动画回到了家中。下楼时，妈妈说空木博士在找主角赶往空木博士研究所，空木博士给了主角开往关东的船票。进入浅葱市的码头，大木博士给了主角全国图鉴上船后发生剧情，某个爷爷的孙女走丢了，要主角帮忙寻找在船里多转转就可以找到船长室，小女孩就在这里，她要和主角玩捉迷藏。之后去下层找到她，带回一楼找到那个爷爷，那爷爷送了个钢铁外套然后船就到了枯叶码头到了关东后，其实自由度很高了，也没有什么固定顺序，主要以收集徽章为主了所以先去枯叶市的GYM战斗吧，电系GYM机关依旧是垃圾桶找钥匙，SL王道馆主 马志士LV51雷丘LV47三磁怪LV47顽皮弹LV53电击兽LV47顽皮弹胜利后得到关东第一个徽章以及TM34电磁波向上走来到山吹市，继续挑战GYM，超能系GYM仍旧是踩机关飞来飞去，飞了头晕馆主 娜姿LV53光伊布LV55胡蒂LV53吸盘魔偶胜利后得到徽章和TM48特性交换向左走来到玉虫市，还是打GYM，囧草系GYM没啥好说的...馆主 莉佳LV51毽子棉LV56大食花LV56美丽花LV52蔓藤怪胜利后得到徽章和TM19亿万吨吸血从山吹市往右来到紫苑镇。以前的鬼塔改成了广播塔，进去后和台长对话，得知没电的消息往上经过10号道路，然后经过岩山隧道，注意需要闪光通过岩山隧道后来到9号道路，从旁边的水路走，来到发电站在发电站中得知重要零件被偷然后继续顺路来到华兰市到了华兰市，进GYM发生剧情，遇到火箭队残党追他到24、25号道路，遇到在偷情的小霞回华兰市的GYM，挑战水系GYM馆主カ 小霞LV49哥达鸭LV49沼王LV52乘龙LV54宝石海星胜利后获得徽章和TM03水之波动再次回24号道路，和火箭队残党开战胜利后返回华兰市GYM，在上方某个救生圈处找到发电站零件回发电站，把零件还给他们，得到TM57充电光回紫苑镇，广播塔台长给了主角关东广播回山吹市，某个房间里发生剧情，主角要帮小女孩找娃娃（这个娃娃貌似是小智送的）去找枯叶市的精灵爱好者协会的一个胖子，他会把娃娃给主角然后宝石版的BOSS大悟出现，告诉主角蓝水都的情报（金心则为红水都）把娃娃还给山吹市的小女孩，得到了电车票，可以往返山吹市和黄金市从紫苑镇往下经过11到15号道路来到浅红市。12号道路的房子里可以得到高级钓竿。 浅红市狩猎场变成了联动公园还是先去打这里的GYM，毒系为主这里还是透明墙和COS群众，依旧没难度馆主 阿杏LV47叉子蝠LV44双弹瓦斯LV47大角蛛LV50末入蛾LV47大角蛛胜利后获得徽章和TM84毒刺回枯叶市。右边有一只卡比兽睡觉挡路，打开收音机将频道调为圆圈最上部的ポケモンのふえ频道，然后就可以抓卡比兽了之后通过地鼠洞来到尼比市尼比市某个老人这里可以得到金色羽毛（金心为银色羽毛）去GYM见见小刚同学吧馆主 小刚LV51走路岩LV53多刺菊石兽LV52镰刀盔LV51铁甲犀牛LV54大岩蛇胜利后得到徽章和TM80岩崩往下通过常磐森林到达常磐市，GYM没人不能打继续往下来到真新镇，这里是初代主角老家，没事就逛逛吧然后从21号水道过去来到红莲岛，遇到了小茂，不过他不肯和主角打继续向右从22号水道到双子岛，火系GYM搬家来这里了和训练师对话开始战斗，胜利后会自觉后退一步馆主 夏伯LV54熔岩蜗牛LV54鸭嘴火龙LV59烈焰马胜利后获得徽章和TM50燃烧殆尽回红莲岛找小茂，他回常磐市GYM等主角这里的GYM是混杂属性，什么都有。还是先要走传送地板，比较怀念的机关先走最右侧的红色，然后左走2格、上走2格、右1格上1格、右走2格、右走2格馆主 小茂LV55椰蛋树LV52鲤鱼龙LV56怪力LV58铁甲暴龙LV58风速犬LV60比雕胜利后获得徽章及TM92欺骗空间刚出GYM，大木博士打来电话，叫主角去真新镇到真新镇研究所找大木博士，他给了主角HM08攀岩，并且让主角去白银山在白银山最深处遇到吹风的小智，二话不说就开战。注意是冰雹天气小智LV88皮卡丘LV80乘龙LV82卡比兽LV84妙蛙花LV84喷火龙LV84水箭龟变态就两个字，通常情况，我们的平均等级是远远落后于小智的。这就要看实力、耐心、头脑以及天意了。没啥好说的，自求多福吧。胜利后，再次进入通关画面全程主要剧情结束
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