一、选择育种 荞麦的选择育种方法有多种，应根据不同类型荞麦的繁殖特点，相应地采用不同的选择方法。苦荞由于自然异交率很低，长期适应自花授粉，采用系统选择育种法效果较好，一般单株后代有较高的一致性，分离较少，通过一定世代的定向选择优良性状能较快地得到稳定，形成较优株系或品系，经过产量比较试验鉴定后，与原始品种有明显不同，即可作为新品种在生产上推广利用。例如云南省的红土地苦荞是当地群众在生产实践中通过单株选择育成的，丰产性好，适应性强，目前已在滇西推广10多万亩。
二、杂交育种 进行杂交育种主要环节是选择亲本，配置优良组合进行杂交和后代正确地选择。(1)亲本选配 在苦荞杂交育种中，亲本的选配原则与其他作物大致相同。在根据育种目标选配组合时，一般应注意几点：①选生态差异较大，亲缘关系较远的品种作亲本。由于亲本之间遗传差异大，杂种后代的分离就比较广，易于选出性状超过亲本和适应性比较强的品种。②杂交的双亲优点较多，优缺点能互补。由于苦荞品种间数量性状在杂交后代中的互补作用不如质量性状效果突出，因此两个亲本的数量性状应很少或没有共同缺点，并应有各自突出的优点。③杂交亲本应有较好的配合力。在选配亲本时，除注意品种本身的优缺点外，还要通过杂交实践积累资料，选出配合力好的品种作亲本。目前，我国苦荞有关配合力的专门研究还很薄弱，应加强这方面的工作。(2)杂交技术 苦荞自现蕾后一般5～7天即开始开花。开花顺序对一株而言，是主茎上的花序先开，其后分枝上的花序才开。对于一个花序而言，则是由花序基部开始渐次向上开放。苦荞的开花时间一般是上午7～8时开始开放，以9～10时为最多，下午6～7时左右闭合。开花的最适温湿度，苦荞为25℃左右，大气相对湿度80%左右。阴雨天气推迟开花，甚至不开花。苦荞开花持续时间较长，一个单独花序的开花，其持续时间可达15～40天以上。现将苦荞的杂交方法具体为：整理花序、去雄和授粉三步。①整理花序，苦荞开花后(荞麦花期很长，达30～50天)，在进入开花高峰之前，选生长健壮，发育正常的母本植株的中上部主花序，对当选花序进行整理，即摘除花序上已经开放的花朵，同时摘除尚未成熟的幼蕾，留下即将开放的花蕾。由于苦荞花序为无限生长类型，应将花序顶端摘除，以免进一步形成花蕾。②去雄，将经过整序的母本花序，逐个用镊子将花蕾挑开，摘去8枚雄蕊。由于苦荞花器很小，需极其小心，注意勿损伤雌蕊，并将雄蕊摘除干净，这一步是杂交成功与否的关键。③授粉，去雄当时或去雄后1天均可授粉。授粉时，将收集的父本花朵花瓣摘去，使雌蕊全部外露，用镊子夹住父本花朵的花柄，左手固定母本花朵，然后把父本花药在母本雌蕊柱头上涂抹，待一个花序上的所有去雄花朵授完粉后，再套上纸袋。(3)杂种后代的选择 获得杂交种以后，还要对杂种后代进行细致的培育和选择，才能创造出优良的新品种来。对于杂种后代进行处理的具体方法一般可采用系谱法或混合法。在杂种后代选育的过程中，要根据育种目标全面掌握后代的植株结构、生育期、生长势、结实性、抗逆性、抗病性和品质，从而选育综合性状较好的品种。由于系谱法、混合法各有优缺点，还可采用结合二者优点的派生法对后代进行选择。
三、诱变育种 利用放射性射线和化学诱变剂，处理荞麦种子、花粉、植株或其他器官，诱使其细胞遗传物质发生突变、产生突变类型，从中选育新品种的诱变育种法正逐渐在国内外荞麦育种中应用。用诱变方法处理荞麦品种能产生广泛的变异谱。实践证明对于改变荞麦的产量性状、株高、株型、分枝性状、抗性和营养品质等方面，能够收到较好的效果。
荞麦是对诱变较敏感的作物，剂量高低直接影响诱变的效果。不同荞麦类型及品种，对辐射剂量的敏感性却有明显差别。一般甜荞类型比苦荞类型敏感；二倍体种比四倍体种敏感，此外，在一种诱变剂和一种外界条件下，如果品种的基因型越近，那么诱导突变的频率和系谱越近似。相反，品种亲缘关系越远，在诱导突变时，突变体的差异越大。根据国内外部分试验资料，苦荞用干种子作处理材料以γ射线进行诱变的参考剂量为200～600戈瑞(Gy)；以化学诱变剂处理干种子时常用的浓度为：甲基磺酸乙脂(EMS)0.1%～0.005%，乙烯亚胺(EI)0.02%～0.005%，硫酸二甲酯(DMS)0.012%～0.025%。