正确的心理
“靠大树”还是“靠自己”：何先生说：“我当时自己做博士的时候，没有导师，全靠自己。”这点我们从他前面讲述的经历可以看到。何先生说：“假如有了博士学位，假如是导师真的很花时间训练你，你获得博士以后不一定要靠大树。你绝对可以自己学习，当然有的时候会走一点弯路，碰两个钉子，但我觉得这个问题可以解决。假如没有好的导师帮你忙的话——有当然很好，没有可以自己闯出来。”
如何选择科研方向：选择研究方向是每个人都关心的问题，何先生结合自己的经验提出了切实可行的建议：“刚开始的时候我也以为必须要学会（基本知识）才能考虑这个问题，后来发现，根本没时间学完，很多事情要下决心，只要离你本行不太远，你花六个月工夫，马上可以作贡献。我的主张是不要太担心。问题是你要跳进去，人家说学游泳最好是跳下水再学，喝几口水没关系，你在外面一天到晚讲游泳理论，不下水，永远学不会。”何先生的学生贾庆山（现在是清华大学副教授）说，“就是选题方向，在这个特定的问题上，我印象很深刻。在刚刚开始接触研究的时候，何老师就指导我们说，选题目有三个问题你要先问一问自己，因为我们是工程学科，是做应用基础研究的，第一个问题是有没有一些实际的工程人员真正关心你要研究的这个问题；第二，你是不是不完全了解这个问题，你如果已经对这个问题非常了解，知道怎么做，甚至预计做的结果是什么，这可能不是一个好事情；第三，不管什么样的原因，是不是对这个问题感兴趣。如果这三个问题当中有两个回答是肯定的，这个问题就值得你去做，这是何老师在我还刚开始接触研究时就跟我讲过的。从那个时候开始做研究，到后来毕业之后自己做老师，我觉得这让我受益非常大。”我觉得何先生的经验比被称为力学的上帝的John Hutchinson教授的“What's new? Who cares?”准则更为具体和生动。
兴趣与现实的冲突如何解决：做自己喜欢做的事情是我们每个人的期望，但现实与理想是有差距的，在现实中我们怎么对待这个问题呢？何先生说“里做事情，需要你解决这个问题，这是你的责任，你必须要替它解决。（如果）要解决的事情是你喜欢做的事情，（这与个人兴趣）没有冲突。假如你要做的事情，一大半都是你不喜欢的，为了生存，当然很痛苦，所以你（可能）要另外找职位。我常常跟学生讲，假如找到一个职业，50%的（工作内容）是你喜欢做的事情这是非常好的，（但）每个机会都有不开心的，但是你必须要做的事情，这是避免不了的。世界上很少（有）每一秒钟都可以做你喜欢的事情（的情况），像我这样退休了以后什么都不用管了，比较可以这样。一般你真的要有职位的话，50%是你喜欢做的事情我觉得就很好了，有的时候你必须做一些你自己不喜欢的事情。”
如何权衡文章的质量和数量的问题：论文的“量”与“质”很难兼得，何先生建议应该更看重“质”，他说：“在科学上用量（衡量）是绝对行不通的，我了解现在的中国为什么注重量，像（用）SCI（衡量）在国外是很少的，唯一能行得通的办法就是同行评议。但是我也了解，中国为什么现在需要用这个量，用量（衡量）有许多用不着争论，像奥运会一样，你跳高一点拿金牌，低一点拿银牌，没话讲。我觉得你们年轻人不要太注重量，当然现在可能注重一下，但迟早中国会同国外一样，慢慢重（视）质（量）。”
转向新问题、学会问问题：应该一生从事同一个研究方向还是应该适时换个研究方向？何先生建议：“我的个人经验，觉得老待在一行里面，不管做什么，可能科学就把你超过去了，根本没有你能做的东西了。所以我觉得应当适当转转行。当然学生物的明天说要研究历史，这是大转变，比较少。不过在生物方面，从一个问题跳到另一个问题绝对是好事。而且我主张，因为你跳到新的问题上，比钻在牛角尖里做第三代的什么问题容易得多。你转向新问题，常常先到那里，（把）树上的果子都采下来了，后来的人要爬得很高才能采下来。我主张你要常常换（研究方向），每六七年换换做的东西比较好。”
合格的博士学位论文是怎样的：学生总是希望从导师那里学到东西，但何先生的看法更为全面。何先生的学生贾庆山说：“我当学生的时候，何老师半开玩笑地跟我们讲过，你们当学生什么时候可以毕业呢？就是一定要教会我一样东西，不是说什么都是老师教给你。作为学生，你得教给老师一些东西，这个过程很重要。”在一篇《给寻求帮助的中国博士生一些明确的建议》的博文里何先生说：“你与导师的关系是一种赋予-索取的关系。导师关心你、指导你，作为回报，他或者她应该从你这里得到点什么，（至少应该是你对他的工作的高度尊重）。例如，我在该系列博文的第一篇（即第2224号）中就说过，一篇博士论文要在我这里通过，必须满足三个条件，其中第二个条件就是：我必须从这篇论文中学到新的东西。科学交流与讨论是双向的。最后你们要永远牢牢记住：学术道路上是没有捷径可走的，也没有所谓的灵丹妙药，有的只是勤奋的、专注的工作。通往成功的道路上没有免费的午餐。地图、路标、旅行手册能帮你少走弯路，避免误入歧途，但是路必须你亲自去走，这没有人能代替得了你。祝你们好运！”我觉得博士论文是讲究创新的，既然是“创新”就必须教会别人（包括自己的导师）一些东西，所以何先生的要求是应该的。
博士生怎样跟同行科学家建立联系：这个问题是每个刚步入学术道路的年轻人十分关心的一个问题，何先生建议：“1. 在你的博士研究选题领域，挑选一篇或者几篇你真正有兴趣的论文。如果论文的作者比较年轻，刚刚做教授，那也会比较好。（比如说是助理教授或者副教授，他们还在努力建立自己的声誉阶段，因此他们时间更多，也更有兴趣与其他人合作，推广自己的工作。）2. 你要自己努力研究这篇论文，真正地、彻底地理解这篇论文，达到能发表崭新的高水平见解的程度。那时，而且只有那时，你才动手给该论文的作者写信。这样一来，这位作者就会知道你是他或者她的知音。一旦他发现你是认真的，而不是在投机取巧，他会很有动力和你交流。3. 请他发给你其他论文的草稿，和他探讨工作进展，提出高水平的见解。4. 一旦你与一两位科学家建立起这样的联系，你的博士研究就算上路了，而且有专家一路指导你。”