GMP纯化水很大的工作在于控制有机物和微生物，需要从几个角度考虑对其控制：进入系统的方式、产生的方式、生长的方式等，有机物可能是随给水进入系统，也可能由系统结构中的非金属物质浸出。有机物的去除主要有臭氧、强碱离子交换、碳、微滤、超滤、反渗透几种方式。
方法/步骤
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一、臭氧：臭氧的氧化力是氯的两倍，它能预防微生物的生长，同时还可以降低有机物的浓度，在预处理系统通常不使用臭氧，而优先选择氯是因为臭氧会使建造材料老化，在设计要求部分有更全面的讨论。
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二、强碱离子交换：离子交换树脂是有机物的清除器和捕捉器，它包含强碱阴离子树脂并能用氯化钠溶液再生，多数天然存在的有机物有轻度的阴性负载性，并可被阴离子树脂吸附，树脂吸附有机物后，有机物可在再生过程中被高浓度的氯化物置换。
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三、碳：含有活性碳的碳床可通过将有机物吸附到碳上来去除它们，当碳的吸附能力降低时，必须定期的更换它们，当用于去除有机物时床层高度不得低于2m，流速一般在10-15m/h左右。
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五、超滤：超滤过程通常可以理解或与膜孔径相关的筛分过程，它介于纳滤和微滤之间，定义域为截留分子量为500-500000左右，相应孔径大小为2-100nm，在一定压力下当水流经过膜表面时，只允许水、无机盐和小分子物质通过膜，而阻止水中的悬浮物、胶体、蛋白质微生物等大分子物质透过以达到净化分离的目的。
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六、反渗透：反渗透的孔径达0.0001μm，因此它不但能将有机物、胶体、微粒、细菌、病毒、热源等脱除，更能将水中的盐类基本上除掉，因此反渗透技术目前在制药行业使用的纯水和超纯水的制备也日益增多，如果在要求去除阴离子和阳离子的预处理系统中使用反渗透技术，对去除有机物和微生物杂质是非常有效的。
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