盗号 灰鸽子入侵用户电脑后，可通过键盘记录器等手段记录用户的键盘输入信息，无论是QQ、网络游戏、网上银行的账号密码都难逃被盗厄运。热门网络游戏魔兽争霸曾发生一个区服大量账号短时间内被盗，引起数千玩家集中投诉;此外，2006年10月，BTV7《生活面对面》节目报道网银账户内1万余元被分15次盗走，警方在事主的电脑查获灰鸽子病毒。
偷窥隐私 灰鸽子可通过远程控制用户电脑上的摄像头偷窥用户隐私。只要用户的机器处于开机状态，远程操控者就可以自动开启用户的摄像头，窥探用户隐私。知道自己家里隐藏了一只远在千里之外的眼睛，肯定会令你毛骨悚然。
敲诈 黑客利用灰鸽子病毒完全控制被感染者电脑，电脑中的任何文件都可以任意处置，黑客一旦发现对用户比较隐私或机密的东西，立刻将其转移到其他地方，然后对用户进行勒索，与现实生活中的敲诈一样，利用网络进行偷窃、敲诈的行为同样是违法行为。3月7日，BTV1《法制进行时》曾报道江西瑞金一男子使用木马程序盗走受害人裸照，并向事主索要14万元人民币，最后这名男子以敲诈勒索罪被判有期徒刑6年。
发展“肉鸡” 电脑被人植入木马，这台主机，就被称为'肉鸡'，远程攻击者可以对这台'肉鸡'电脑为所欲为。攻击者可控制大量'肉鸡'，进行非法获利，比如在'肉鸡'上植入点击广告的软件；利用肉鸡配置代理服务器，以此做为跳板对其它电脑发起入侵。一旦最终受害者追查时，肉鸡电脑将会成为替罪羊；此外，还可以用大量肉鸡组建僵尸网络，随时可以被用于一些特殊目的，比如发起DDoS攻击等。可以想象，如果大量肉鸡被敌对势力控制，将会对我国的网络安全造成什么样的后果。
盗取商业机密 通过一些非法途径让那些存放商业机密的电脑感染到灰鸽子，接下来，攻击者窃取有价值的商业文件、机密文件、个人隐私数据等等。攻击者可以偷偷将商业文件进行贩卖，充当商业间谍。如果是国家机密因此受损，后果将不堪设想。
间断性骚扰 感染灰鸽子病毒后，远程攻击者任意玩弄你的电脑，比如任意打开和关闭文档，远程重启电脑，使您无法完成正常任务。
恶搞性破坏 看谁不顺眼，就可以肆意搞破坏，攻击者可利用灰鸽子对被感染的用户电脑为所欲为，修改注册表、删除重要文件、修改共享、开启代理服务器、下载病毒等等，试想如果你电脑的注册表被恶意篡改、系统文件被删除，而且电脑中还被放了大量病毒，你的电脑将如何？