大多数软件商业秘密案件都离不开软件商业秘密鉴定，但对软件商业秘密鉴定的认识存在误解，这些问题会在一定程度上影响我们对软件商业秘密鉴定的客观分析，因此在软件商业秘密案件中，一定要注意这几个问题：
方法/步骤
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1、比对的代码不完全相同会怎么样？
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通常情况下，侵权人使用的软件代码与权利人的软件代码绝大多少情况下，不可能完全一致，一方面是因为侵权人明知侵犯他人软件商业秘密，为规避侵权，或者为降低侵权风险，会对权利人的软件代码进行一定程度和一定范围的修改;另一方面，大部分侵权人会在权利人已有的软件代码基础上，进行部分修改，完完全全一样的可能性不大;还有种情况是，侵权人使用的软件代码的背景会有一定的变化，或多或少存在不同。
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2、软件商业秘密鉴定是不是一定是对源程序进行鉴定？
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软件商业秘密鉴定不一定是对源程序进行鉴定，因为除了目标程序外，源程序是不会带外公开的，软件的功能主要是通过源程序来实现，源代码是软件的核心部分，公开源代码无疑就是公开自己的核心竞争力，让竞争对手有了利用的可能，源程序是通过转化为目标程序后，以目标程序的形式向外传播。因此软件商业秘密鉴定主要是针对源程序(源代码)进行鉴定，在源程序无法获取的情况下，对目标程序进行鉴定。
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3、加密、解密是不是软件商业秘密鉴定的必经程序？
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在进行软件商业秘密鉴定时，通常会遇到加密、解密，但加密、解密过程本身不是软件商业秘密鉴定的对象。软件商业秘密鉴定的是具体的软件代码，是能够实质性影响软件功能、软件内容的代码，加密只是权利人的保护手段、解密也只是侵权人破秘的手段。加密、解密过程本身不是软件代码对比要涉及的内容，也不是软件商业秘密鉴定所针对的对象。因此，在进行软件商业秘密鉴定时，必须清楚加密、解密并不是软件商业秘密鉴定的必经程序。
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