1、软件商业秘密鉴定是否具有相应的鉴定资质
名不正则言不顺，如果某软件商业秘密鉴定机构并没有与之相应的软件商业秘密鉴定资质，则不能进行软件商业秘密鉴定。在司法实务中，大家经常将软件商业秘密鉴定中知识产权司法鉴定和计算机司法鉴定混为一谈，实质上二者存在根本的区别，主要体现如下：
《司法鉴定执业分类规定》第十六条“知识产权司法鉴定：根据技术专家对本领域公知技术及相关专业技术的了解，并运用必要的检测、化验、分析手段，对被侵权的技术和相关技术的特征是否相同或者等同进行认定;对技术转让合同标的是否成熟、实用，是否符合合同约定标准进行认定;对技术开发合同履行失败是否属于风险责任进行认定;对技术咨询、技术服务以及其他各种技术合同履行结果是否符合合同约定，或者有关法定标准进行认定;对技术秘密是否构成法定技术条件进行认定;对其他知识产权诉讼中的技术争议进行鉴定。”
《司法鉴定执业分类规定》第十三条“计算机司法鉴定：运用计算机理论和技术，对通过非法手段使计算机系统内数据的安全性、完整性或系统正常运行造成的危害行为及其程度等进行鉴定。”
如果要比较软件代码是否具有同一性，2个软件代码之间是否存在复制关系，则必须具有“知识产权司法鉴定”资质的机构才可以。
2、软件代码的提取是否符合程序
软件商业秘密鉴定必然涉及到对软件代码的提取，前面在讲软件商业秘密鉴定资质时也提到过对软件代码的提取，软件商业秘密鉴定时对代码进行提取的对象是代码鉴材，就是将要用于对比统计的软件代码。软件代码是怎么提取来的，提取是否符合法定程序，软件代码的来源是否合法，用于鉴定的代码是否是提交的代码，也是比较容易判断的。
3、软件商业秘密鉴定有没有数学逻辑矛盾
由于软件商业秘密鉴定经常对软件代码的行数、文件数、相同代码行数、相同代码占整个代码的比例等进行统计，因此软件商业秘密鉴定意见中就会包含这些数据，对我们大多数人来说，判断这些数字有没有计算错，有没有统计出来的结果不符合常理，是能够判断的。这种常见的错误主要有：数字相加错误，分子分母颠倒错误，相同的代码比代码总数还多等。
综上，分析软件商业秘密鉴定主要围绕上述三个方面进行，是否具有相应的鉴定资质、是否符合程序、有没有数学逻辑矛盾。如果软件商业秘密鉴定注意以上三个角度，对软件商业秘密鉴定的分析，可以说是比较专业的分析。